臺北高等行政法院 高等庭(含改制前臺北高等行政法院)98年度訴更一字第146號

• 裁判案由: 營業稅
• 案件類型: 行政
• 審判法院: 臺北高等行政法院 高等庭(含改制前臺北高等行政法院)
• 裁判日期: 98 年 12 月 31 日
• 法官: 楊莉莉、畢乃俊、林惠瑜
• 法定代理人: 甲○○、乙○○
• 原告: 忠興開發股份有限公司法人
• 被告: 財政部臺北市國稅局

臺北高等行政法院判決
98年度訴更一字第146號98年12月24日辯論終結原　　　告　忠興開發股份有限公司
代　表　人　甲○○（董事長）
訴訟代理人　卓隆燁　會計師(兼送達代收人)
複代理人　　何嘉容　會計師
被　　　告　財政部臺北市國稅局
代　表　人　乙○○（局長）
訴訟代理人　丙○○
丁○○
戊○○
上列當事人間營業稅事件，原告不服財政部中華民國95年10月31日台財訴字第09500445860 號訴願決定（案號：第00000000號），提起行政訴訟，本院以96年11月8 日95年度訴字第4549號判決訴願決定及原處分（即重核復查決定）均撤銷。被告不服，提起上訴，經最高行政法院以98年10月22日98年度判字第1249號判決廢棄，發回更為審理，本院更為判決如下：
主 文
原告之訴駁回。
訴訟費用及發回前訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要：
原告自動於民國（下同）85年5 月27日向臺北市稅捐稽徵處大安分處（以下簡稱大安分處）補申報80至84年各年度取得之股利收入( 免營業稅) ，依「兼營營業人營業稅額計算辦法」規定計算不得扣抵之進項稅額新台幣（下同）9,672,657 元，同時主張以「直接扣抵法」計算該補稅額( 即不得扣抵之進項稅額) 應為320,401 元，以歷年累積留抵稅額66,866,876元抵繳稅款。因歷年取得固定資產而溢付之營業稅大於該累積留抵稅額，原告除申請退還因取得固定資產而產生溢繳之留抵稅額57,194,219元（66,866,876元減9,672,657
元）外，另就各該年度自動補報股利收入依「直接扣抵法」計算之應補稅額( 即不得扣抵之進項稅額) ，與依「比例扣抵法」所計算補稅額之差額，即溢繳金額9,352,256 元（9,672,657 元－320,401 元，下稱系爭溢繳金額）申請退還。案經大安分處88年1 月28日北市稽大安甲字第8800127710號函復，以「經查貴公司85年5 月27日係申請退還固定資產因併入『進貨及費用』申報而溢付且留抵之營業稅額，並非申請採用直接扣抵法，是本項係屬核課確定案件不適用86年1
月18日台財稅第851928790 號函釋。」等理由，否准退還依「比例扣抵法」與「直接扣抵法」計算應補稅額而溢繳之金額。原告不服，向台北市政府提起訴願，因自88年7 月1 日起營業稅改制國稅而移轉管轄財政部審理，經財政部以91年3 月18日台財訴字第0911352188號訴願決定撤銷原處分，發回由原處分機關另為處分。嗣因營業稅稽徵業務92年1 月1
日起移撥由財政部各區國稅局辦理，案經被告所屬大安分局重核結果，以93年1 月7 日財北國稅大安營業字第0920214070號函復略以：「二、貴公司85年5 月27日申請以比例扣抵法自動補報不得扣抵之進項稅額，並申請以累積留抵稅額抵繳方式補繳9,672,657 元。該申請函說明四雖提及要求另就直接扣抵法計算為320,401 元，而退還兩者差額9,352,256
元，惟當時係申請以比例扣抵法補報，並未敘明係符合3 年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途之規定，故當時未申請適用直接扣抵法甚明。三、貴公司既未於財政部86年1 月18日台財稅第851928790 號函發布前依兼營營業人營業稅額計算辦法第8 條之1 規定：『3 年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得向稽徵機關申請核准採用直接扣抵法。』申請核准後改按直接扣抵法計算應納稅額，尚無財政部86年8 月9 日台財稅第861911195 號函意旨之適用，仍應依比例扣抵法計算各該年其之應納稅額。」為由，仍否准所請( 下稱原處分) ，原告仍表不服，提起訴願，亦遭決定駁回，遂向本院提起行政訴訟，經本院以96年11月8 日95年度訴字第4549號判決「訴願決定及原處分（即重核復查決定）均撤銷。被告對於原告就85年5 月27日及88年1 月5 日申請溢繳稅款新臺幣玖佰參拾伍萬貳仟貳佰伍拾陸元事件，應依本判決之法律見解另為處分。原告其餘之訴駁回」，被告不服，提起上訴，經最高行政法院以98年10月22日98年度判字第1249號判決廢棄原判決，發回本院更為審理。
二、本件原告主張：
㈠營利事業兼營投資業務所獲配之股利收入，雖財政部77年7
月8 日台財稅第761153919 號函（本函已被78年5 月22日台財稅第780651695 號函內容涵蓋）規定，應於年度結束時彙總列報當年度最後乙期免稅銷售額申報，並依兼營營業人營業稅額計算辦法規定，按當期或當年度進項稅額不得扣抵銷項稅額之比例計算調整應納稅額併同繳納，惟實務上均未將股利收入視屬免稅銷售額，原告亦持相同見解，故原告80至84年度獲配之股利，並未於各獲配年依兼營營業人營業稅額計算辦法規定，按當期或當年度進項稅額不得扣抵銷項稅額之比例計算調整應納稅額併同繳納，合先敘明。
㈡⒈本件有關自動補報股利收入不得扣抵之進項稅額而應補繳營業稅及申請退還溢繳營業稅事項，屬未核課確定案件。⑴按「兼營營業人未依81年9 月1 日修正施行之兼營營業人營業稅額計算辦法第8 條之1 規定選擇採用直接扣抵法，而採比例扣抵法計算稅額者，自上揭辦法修正施行之日起，其屬尚未核課確定之各年度案件，得申請採用直接扣抵法計算應納稅額。」及「81年9 月1 日修正施行之兼營營業人營業稅額計算辦法第8 條之1 修正施行之日起，兼營營業人原採用比例扣抵法計算稅額並繳納營業稅額，嗣後要求改按直接扣抵法計算稅額而經稽徵機關否准，於本部86年1 月18日臺財稅第851928790 號函釋發布前已提起行政救濟且尚未確定者，准依上開規定申請直接扣抵法計算應納稅額。」分別經財政部86年1 月18日臺財稅第851928790 號函及86年8 月9 日臺財稅第861911195 號函核釋在案。
⑵次按「兼營營業人當期應納或溢付營業稅額之計算公式如左：應納或溢付稅額＝銷項稅額－（進項稅額－依本法第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額）×（１－
當期不得扣抵比例）」、「經核准採用直接扣抵法之兼營營業人，應依下列規定計算營業稅額。一、兼營營業人應將購買貨物、勞務或進口貨物、購買國外之勞務之用途，區分為左列三種，並於帳簿上明確記載：專供經營本法第四章第一節規定應稅（含零稅率）營業用（以下簡稱專供應稅營業用）者。專供經營免稅及依本法第四章第二節規定計算稅額營業用（以下簡稱專供免稅營業用）者。供1.、2.兩目共同使用（以下簡稱共同使用）者。二、兼營營業人當期應納或溢付營業稅額之計算公式如下：應納或溢付稅額＝銷項稅額－（進稅稅額－依本法第19條第1 項規定不得扣抵之進項稅額－專供經營免稅營業用貨物或勞務之進項稅額－共同使用貨物或勞務之進項稅額×當期不得扣抵比例）三、兼營營業人
購買國外之勞務，應依下列公式計算應納營業稅額，併同當期營業稅額申報繳納。應納稅額＝專供免稅營業用勞務之給付額×徵收率＋共同使用勞務之給付額×徵收
率×當期不得扣抵比例四、兼營營業人於報繳當年度最
後一期營業稅時，應按當年度不得扣抵比例調整稅額後，併同最後一期營業稅額辦理申報繳納，其計算公式如左：調整稅額＝當年度已扣抵之進項稅額－（當年度進項稅額－當年度依本法第19條第1 項規定不得扣抵之進項稅額－當年度專供免稅營業用之貨物或勞務之進項稅額－當年度共同使用之貨物或勞務之進項稅額×當年度
不得扣抵比例）兼營營業人如有購買國外之勞務者，並應依下列公式調整：調整稅額＝（當年度購買專供免稅營業用勞務給付額＋當年度購買供共同使用勞務給付額×當年度不得扣抵比例）×徵收率－當年度購買勞務已
納營業稅額兼營營業人於年度中適用本條規定計算營業稅額之期間未滿九個月者，當年度免辦調整，俟次年度最後一期再做本款規定調整之。」分別為行為時兼營營業人營業稅額計算辦法第4 條及第8 條之2 所明確規定。即採直接扣抵法者，於計算當期應納或溢繳營業稅，當期進項稅額除扣除「依本法第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額」外，應予扣除「專供經營免稅營業用貨物或勞務之進項稅額」及「共同使用貨物或勞務之進項稅額×當期不得扣抵比例）」之進項稅額，為計算基
礎；而未採直接扣抵法者，則係將當期進項稅額除扣除「依本法第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額」後，直接乘以（１－當期不得扣抵比例），為計算基礎。⑶再按「本部95年12月21日令公布修正之『兼營營業人營業稅額計算辦法』第8條之1、第8條之2及第8條之3，凡屬於尚未核課確定之各年度案件均予適用」、「兼營營業人帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得採直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及購買本法第36條第1 項勞務之應納稅額。但經採用後三年內不得變更。」亦分別為財政部95年12月21日台財稅字第09504563401 號函及台財稅字第09504563400 號函頒布修正之『兼營營業人營業稅額計算辦法』第8 條之1 第1 項所明定。據前開規定，業已剔除原辦法規定之「得向稽徵機關申請核准採用直接扣抵法」，改為「得採用直接扣抵法」，無須向稽徵機關事先申請核准，且尚未確定案件均有其適用。
⑷查原告80至84年度各期營業稅申報，已依營業稅法第35條第1 項規定申報在案。原告鑑於85年2 月16日總統公布司法院釋字第397 號解釋文，闡明財政部77年7 月8
日台財稅第761153919 號函（註︰本函已被78年5 月22日台財稅第000000000 號內容涵蓋）有關兼營投資業務之營業人於年度中取得之股利，應於年度結束時彙總列入當年度最後乙期免稅銷售額申報，並依兼營營業人營業稅額計算辦法之規定，按當期或當年度進項稅額不得扣抵銷項稅額之比例計算調整應納稅額，併同繳納之規定合憲，原告乃依稅捐稽徵法第48條之1 規定，於85年5 月27日補申報系爭80至84年各年度取得之股利收入，俾依兼營營業人營業稅額計算辦法規定計算應補繳之稅額，並以累積留抵稅額辦理抵繳，同時依營業稅法第39條第1 項第2 款規定，申請退還因取得固定資產而溢付之營業稅額，茲就所附之稅額計算表相關欄位之計算方式，以80年度為例說明如後（81至84年度之計算式與80年度相同，不贅）：
①原告80年度之應稅銷售額為94,790,864元（按5%計算之銷項稅額為4,739,543 元），免稅銷售額（即股利收入）為20,781,200元，得扣抵之進項稅額為848,459 元，當期已申報繳納之營業稅額為3,891,084 元【計算式：應稅銷售額94,790,864元×5%－得扣抵之進
項稅額848,459 元＝已繳納營業稅3,891,084 元】，合先陳明。
②「不得扣抵進項稅額（含固定資產）」欄：係依兼營營業人營業稅額計算辦法第3 條規定，指各該期間免稅銷售淨額及依第四章第二節規定計算稅額部分之銷售淨額，占全部銷售淨額之比例。說明如後：
甲、當期不得扣抵比率為17% 【計算式：當期免稅銷售額20,781,200元/ 當期應稅銷售額94,790,864元＋當期免稅銷售額20,781,200元＝17% 】；
乙、當期不得扣抵稅額（含固定資產）144,238 元（比例扣抵法）：當期得扣抵之進項稅額為848,459 元（內含固定資產進項稅額505,706 元），按當期不得扣抵比率17% 計算當期含固定資產之不得扣抵進項為144,238 元【計算式：當期得扣抵之進項稅額848,459 元－當期得扣抵之進項稅額848,459 元×（1 －17% ）＝144,238 元】。
丙、當期不得扣抵稅額（不含固定資產）58,268元（直接扣抵法）：茲因原告興建之固定資產係供出租使用，其相關之銷項並無免稅之適用，故其進項稅額於計算不得扣抵進項稅額時應予以排除，此即「當期不得扣抵稅額（不含固定資產）」，而於系爭年度亦並無專供經營免稅營業用貨物或勞務之進項稅額，故本欄「當期不得扣抵稅額（不含固定資產）」，依首揭函釋規定，其計算式為：【不含固定資產之當期得扣抵之進項稅額＝當期得扣抵之進項稅額為848,459 元－固定資產進項稅額505,706 元＝342,753 元】；【不含固定資產之當期不得扣抵之進項稅額＝不含固定資產之當期得扣抵之進項稅額342,753 元－不含固定資產之當期得扣抵之進項稅額342,753 元×（
1 －17% ）＝58,268元】；
丁、當期應納稅額（直接扣抵法）：－依首揭函式規定之計算式為：銷項稅額－（進項稅額－依本法第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額－專供經營免稅營業用貨物或勞務之進項稅額－共同使用貨物或勞務之進項稅額×當期不得扣抵比例）
，因原告當期並無「依本法第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額」及「專供經營免稅營業用貨物或勞務之進項稅額」，而共同使用貨物或勞務之進項稅額（於直接扣抵法中為「不得扣抵稅額（不含固定資產）」），則本期溢繳稅額＝【銷項稅額4,739,543 元－（進項稅額848,459 元－0 元－0 元－（共同使用當期不得扣抵稅額58,268元（不含固定資產---848,459元－505,706
元＝342,753 元×當期不得扣抵比例17％）))】
＝當期應繳納之營業稅3,949,352 元；因原告前已如期申報繳納營業稅3,891,084 元－當期應繳納之營業稅3,949,352 元＝當期應納之營業稅58,268 元 ；
戊、當期應納稅額（比例扣抵法）－依首揭函式規定之計算式為：銷項稅額－（進項稅額－依本法第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額）×（１
－當期不得扣抵比例），因原告當期並無「依本法第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額」，而進項稅額（於比例扣抵法中為「不得扣抵稅額（含固定資產）」），則本期溢繳稅額＝【銷項稅額4,739,543 元－（進項稅額848,459 元－0
元）×(1- 當期不得扣抵比例17％）】＝當期應
繳納之營業稅4,035,322 元；因原告前已如期申報繳納營業稅3,891,084 元－當期應繳納之營業稅4,035,322 元＝當期應納之營業稅144,238 元；
己、80年比例扣抵法應納稅額144,238 元與直接扣抵法應納稅額58,268元之差額為85,970元，累積80年至84年度共計溢繳9,352,256 元【計算式：比例扣抵法--累計不得扣抵稅額（含固定資產）9,672,657 元－直接扣抵法--累計不得扣抵稅額（不含固定資產）320,401 元＝9,352,256 元】。由於原告補申報之案關年度，有取得固定資產供出租致部分進項稅額應直接歸屬固定資產之情形，乃於同一申請函說明四中，敘明「……且該等固定資產係供出租使用，其相對收入業均課徵營業稅在案，故其進項稅額自不應再併入兼營營業人營業稅額調整計算表中……」，及說明五所附兼營營業人營業稅額調整計算表，即係依行為時兼營營業人營業稅額計算辦法第8 條之2 規定，按「直接扣抵法」計算調整稅額，顯見原告85年5 月27日補申報系爭80至84年各年度取得之股利收入，即係申請依「直接扣抵法」計算營業稅額，並主張以留抵稅額抵繳應補繳稅款，因採直接扣抵法計算並抵繳稅額後，原告仍有溢繳之留抵稅額，乃於申請函中同時申請退還溢繳之留抵稅額，明確無誤。此亦為財政部91年3 月18日台財訴字第0911352188號訴願決定書理由書三，倒數第6 行以下論述撤銷原處分之主要緣由。原處分及訴願決定均見未及此，即擅予駁回，與行政救濟制度設置之本旨相悖，難謂合法。
⑸大安分處於受理原告前述補申報及退稅申請案，旋於85年6 月3 日以北市稽大安（甲）字第24795 號函囑原告「請填列固定退稅清單及相關進項憑證（依清單順序排列）並檢附所屬年度帳簿，建物所有權狀，租賃契約書，租金收入發票存根聯，使用執照以憑核辦」，顯見大安分處並未否准原告申請直接扣抵法計算營業稅，而係要求原告檢證憑核，明確無疑。被告所屬大安分局93年1 月7 日財北國稅大安營業字第0920214070號函復謂：「二、貴公司85年5 月27日申請以比例扣抵法自動補報不得扣抵之進項稅額，並申請以累積留抵稅額抵繳方式補繳9,672,657 元。該申請函說明四雖提及要求另就直接扣抵法計算為320,401 元，而退還兩者差額9,352,256 元，惟當時係申請以比例扣抵法補報，並未敘明係符合3 年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途之規定，故當時未申請適用直接扣抵法甚明。」云云，顯與事實不符。
⑹次查原告上開依稅捐稽徵法第48條之1 規定補申報系爭80至84年各年度取得之股利收入，並採用「直接扣抵法」計算不得扣抵銷之進項稅額，同時依稅捐稽徵法第28條規定，以未正確適用營業稅法第39條第1 項第2 款之適用法令錯誤之理由，申請退還是段期間因取得固定資產而溢付之營業稅，於經大安分處88年1 月28日北市稽大安甲字第8800127710號函，作出否准退還系爭依「比例扣抵法」與「直接扣抵法」計算應補稅額而溢繳金額之處分後，原告已在規定期限內提起訴願，目前仍在行政救濟程序處理中，則依稅捐稽徵法第34條第3 項規定，本件當屬未確定案件。故依首揭財政部86年1 月18日臺財稅第000000000 號及86年8 月9 日臺財稅第000000000 號規定，本件自動補報依「直接扣抵法」計算之應納稅額，而較「比例扣抵法」所計算者之溢抵繳數，既可直接歸屬供出租使用之固定資產之應稅業務，而與免稅業務或共同使用業務毫無關連，自可依營業稅法第39條第1 項第2 款申請退還，殆無疑義。
⑺再者，原告為取得上開固定資產所購買之貨物或勞務，係興建富邦金融中心大樓與民生大樓之相關工程規劃、設計及各項工程發包所需之貨物或勞務，其帳務處理之科目歸屬當與其他資產及費用之發生有明確之區隔，無庸置疑。又原告於85年5 月27日申請函中，雖未敘明最近3 年內無重大逃漏稅情事，惟原告過去是否有逃漏稅情事，自為原處分機關所得掌握，非得由原告敘明不可。乃被告所屬大安分局明知此情，卻擅謂原告「當時係申請以比例扣抵法補報」，旁以原告「未敘明對符合3
年內無重大逃漏稅情事，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途之規定」之理由塘塞推託，即作原告「當時未申請直接扣抵法」之論斷，自屬違誤，更與訴願法第96條：「原行政處分經撤銷後，原行政處分機關須重為處分者，應依訴願決定意旨為之，並將處理情形以書面告知受理訴願機關。」之意旨難謂有合。
⑻況依前揭財政部95年12月21日台財稅字第09504563401
號函及台財稅字第09504563400 號函頒布修正之『兼營營業人營業稅額計算辦法』規定，直接扣抵法已無須事先向稽徵機關申請核准之必要，原處分所執「當時未申請適用直接扣抵法」之論據，已無意義，本件既為未核課確定之案件，自應得採直接扣抵法並退還溢繳納稅額，要無疑義。
⒉被告對性質相同之事務為不同之行政處分，違反平等原則。
⑴按行政程序法雖於90年1 月1 日施行，惟「平等原則」乃憲法第7 條所保障之基本權利，復經司法院釋字第211 號、第485 號、第565 號等解釋一再闡述有案。
⑵又「基於相同原因事實作成之行政處分，若有意作不公平之差別待遇，致損及特定當事人之權益，即有權力濫用之違法。」為改制前行政法院81年度判字第1006號判決所明釋。
⑶查訴外人明東實業股份有限公司（下稱明東公司）設址於台北市○○○路○段237號10樓（原告設於同址11樓）
，明東公司前於85年5 月27日向大安分處（營業稅稽徵業務自92年1 月1 日由被告收回自徵）自動補申報股利收入並申請退還溢繳營業稅，其不論申請時間、申請事項、論述內容及管轄機關（同為大安分處）等情況與原告完全相同，僅金額有所不同，而明東公司採直接扣抵法之溢繳稅額，大安分處早於88年5 月26日以北市稽大安甲字第8801899300號函依訴願決定，同意按直接扣抵法辦理退稅17,415,351元及加計利息1,263,162 元，合計18,678,513元（嗣經明東公司同意該應退稅額及利息累積計入88年7 ～8 月之留抵稅額，被告及訴願決定明知此項事實，卻對事務本質相同之案件為不同之處分，與平等原則相違背。
⑷被告所屬大安分局竟可無視於同為稅捐稽徵機關之大安分處，對上開相同案件─明東公司已為同意按直接扣抵法並辦理退稅之處置，並置財政部就本系爭所為之訴願撤銷決定意旨於不顅，仍抱持一己之偏見，否准本件可明確歸屬供出租使用之固定資產之所購買之貨物或勞務，其溢付之營業稅額應直接歸屬應稅業務，無須併入兼營營業人營業稅額計算表中而得申請退還，以使不得扣抵進項稅額之計算能臻於公平合理，顯背離司法院釋字第397 號解釋後段所闡「惟不得扣抵比例之計算，在租稅實務上既有多種不同方法，財政部雖於81年8 月25日有所修正，為使租稅益臻公平合理，主管機關仍宜檢討改進。」之旨意，亦顯未合。
㈢原告鑑於85年2 月16日總統公佈司法院釋字第397 號解釋文，闡明財政部77年7 月8 日台財稅第761153919 號函（本函已被78年5 月22日台財稅第780651695 號函內容涵蓋）有關兼營投資業務之營業人於年度中取得之股利，應於年度結束時彙總列報當年度最後乙期免稅銷售額申報，並依兼營營業人營業稅額計算辦法規定，按當期或當年度進項稅額不得扣抵銷項稅額之比例計算調整應納稅額，併同繳納之規定為合憲，原告乃依稅捐稽徵法第48條之1 規定，於85年5 月27日向被告自動補報80至84年度之股利收入，先以「比例扣抵法」計算其不得扣抵之應補繳營業稅為9,672,657 元，並主張以85年1 、2 月份含取得固定資產之留抵稅額計66,866,876元，抵繳不得扣抵之應補繳營業稅9,672,657 元，唯若採「直接扣抵法」計算本次自動補報實際不得扣抵進項稅額應為320,401 元，爰再就上開按「比例扣抵法」計算抵繳之應補繳營業稅9,672,657 元，於扣除按「直接扣抵法」計算抵繳之應補繳營業稅320,401 元，就所溢繳營業稅9,352,256 元（9,672,657 元減320,401 元）申請退還，故原告之退稅請求權確實存在，依法得請求退稅之金額為9,352,256元。
㈣原告85年5 月27日申請函說明四記載：「……且該等固定資產係供出租使用，其相對收入業均課徵營業稅在案，故其進項稅額自不應再併入兼營營業人營業稅額調整計算表中，則依此計算表本次自動補報實際不得扣抵進項稅額應為320,401 元，請惠准適用並退還因前揭自動補報並補繳所漏稅額而溢繳之金額9,352,256 元（9,672,657 減320,401 元），及取得固定資產而產生溢繳之留抵稅額57,194,219元（66,866,876減9,672,657 元）合計66,546,475元。」（原處分卷第367 頁），業已將採用直接扣抵法計算式所得之數額9,352,256 元臚列，並敘明此為「溢繳之金額9,352,256 元」（按即以歷年累積留抵稅額抵繳應補繳之不得扣抵之進項稅額，而產生溢繳之金額），復經申請函說明五所附兼營營業人營業稅額調整計算表（原處分卷第369 頁），分別依「留抵稅額」、「不得扣抵進項稅額（含固定資產）」、「不得扣抵進項稅額（不含固定資產）」及「固定資產進項稅額」等事項，依各該年度臚列適用「比例扣抵法」（9,672,657 ）及「直接扣抵法」（320,401 ）之合計金額（即申請函之Total 欄位），足見原告之申請函縱未明寫採用直接扣抵法之文字，但業已就申請直接扣抵法之意旨敘明在系爭申請函說明四第8 行以下及其附表，足證原告就前開自動補報80至84年各年度取得之股利收入，業已載述申請採行直接扣抵法之意旨。
㈤本件原告85年5 月27日申請函敘及：以比例扣抵法自動補報80至84年各年度取得之股利收入，主張不加計利息，按直接扣抵法計算，將溢繳之稅款退還，此觀之系爭申請函之主旨及說明內容即明。惟被告85年6 月3 日北市稽大安( 甲) 字第24795 號函並未針對原告主張直接扣抵法申請退稅部分有所答覆（原處分卷第358 頁），原告未獲回覆，嗣又另於88年1 月5 日以另申請函向被告催辦，並敘明前已主張依「直接扣抵法」計算不得扣抵之進項稅額等語（原處分卷第240
頁），係因應司法院釋字第397 號解釋意旨，而將股利收入補列入各年度最後一期免稅銷售額申報，並同時申請採用直接扣抵法而申請退稅，此80至84年度之股利收入既未於80至84年度各期原營業稅申報時列入，即不生已採用比例扣抵法核算確定之問題，則原告依稅捐稽徵法第48條之1 規定，於85年5 月27日具函申請，以比例扣抵法自動補報80至84年各年度取得之股利收入，主張不加計利息，按直接扣抵法計算，將溢繳之稅款退還，即屬未確定案件，依財政部95年12月21日台財稅第00000000001 號函釋規定，自應有該函頒修正『兼營營業人營業稅額計算辦法』第8 條之1 、第8 條之2
及第8 條之3 規定之適用。被告主張原告已採用比例扣抵法核算確定之見解，顯然違法。上訴審判決認「上訴人主張，被上訴人係依行為時營業稅法第39條第1 項第2 款請求退稅，徵諸申請書之記載，並非無據。」、「上訴人主張，被上訴人80至84年以比例扣抵法計算應納或溢付稅額，不得任意變更之理由雖有不同，但主張不得溯及既往，重為計算之結果則為正確」云云，容有誤解。
㈥據上，本件退稅請求權確實存在，並無行使已消滅權利之情；且原告之申請函縱未明寫採用直接扣抵法之文字，但業已就申請直接扣抵法之意旨敘明在申請函說明四第8 行以下及其附表，足證原告就前開自動補報80至84年各年度取得之股利收入，業已載述申請採行直接扣抵法之意旨；又80至84年度之股利收入既未於原營業稅申報時列入，即不生已採用比例扣抵法核算確定之問題；本件既屬未確定案件，自應准予適用財政部95年12月21日台財稅第00000000001 號函頒修正『兼營營業人營業稅額計算辦法』第8 條之1 、第8 條之2
及第8 條之3 規定之直接扣抵法，並退還溢繳稅款。為此，本件原處分及訴願決定均有違誤，為此，原告提起本件行政訴訟，並聲明求為判決：訴願決定及原處分（即重核復查決定）均撤銷。請判命被告應退還溢繳稅額9,352,256 元。訴訟費用由被告負擔。
三、被告則以：
㈠按「營業人因兼營第8 條第1 項免稅貨物或勞務，或因本法其他規定而有部分不得扣抵情形者，其進項稅額不得扣抵銷項稅額之比例與計算辦法，由財政部定之。」及「兼營營業人最近3 年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得向稽徵機關申請核准採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及進口貨物、購買本法第36條第1 項勞務之應納稅額。但核准後3 年內不得申請變更。」分別為行為時營業稅法第19條第3 項及兼營營業人營業稅額計算辦法第8 條之1 第1 項所規定。又「兼營營業人未依81年9 月1 日修正施行之『兼營營業人營業稅額計算辦法』第8 條之1 規定選擇採用「直接扣抵法」，而採「比例扣抵法」計算稅額者，自上揭辦法修正施行之日起，其屬尚未核課確定之各年度案件，得申請採用「直接扣抵法」計算應納稅額。」及「81年9 月1 日兼營營業人營業稅額計算辦法第8
條之1 修正施行之日起，兼營營業人原採用比例扣抵法計算稅額並繳納應納營業稅額，嗣後要求改按直接扣抵法計算稅額而經稽徵機關否准，於本部86年1 月18日台財稅第851928790 號函釋發布前已提起行政救濟且尚未確定者，准依上開規定申請採用直接扣抵法計算應納稅額。」亦分別經財政部86年1 月18日台財稅第000000000 號及86年8 月9 日台財稅第861911195 號函釋有案。
㈡查本件原告85年5 月27日自動以比例扣抵法計算及補報不得扣抵之進項稅額，並申請以累積留抵稅額抵繳方式補繳9,672,657 元。該申請函說明四雖提及要求另就直接扣抵法計算為320,401 元，而主張退還兩者差額9,352,256 元，惟申請時係以比例扣抵法補報，且未敘明係符合3 年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途之規定，當時亦無表明申請適用直接扣抵法。（原告於85年6 月1 日始另案申請適用直接扣抵法，並經大安分處於85年6 月8 日以北市稽大安（甲）字第26448 號函，核准自85年6 月1 日起採用直接扣抵法在案）。次查原告85年5 月27日函之說明四記載：「按本公司80至84年度因取得固定資產而溢付之進項稅額……依營業稅法第39條第1
項第2 款規定，因取得固定資產而溢付之營業稅，應由主管機關查明後退還之……」又該函附表註（二）記載：「不含固定資（產）之不得扣抵進項稅額係由80至84年度『兼營營業人營業稅額調整計算表』之進項稅額合計數減除80至84年各年度之固定資產進項稅額……後乘以各年度【80至84年】依規定計算之不得扣抵進項稅額比例。」則本件僅係原告因取得固定資產產生溢付營業稅，申請依營業稅法第39條第1
項第2 款規定退還該溢付營業稅額，並非原告申請改採直接扣抵法計算應納稅額遭否准（事實上已核准原告自85年6 月1 日（申請日）起採用直接扣抵法），原告80至84年間並未申請採用直接扣抵法，該段期間原告之申報課稅資料均已按比例扣抵法計算核課確定，核與財政部86年1 月18日台財稅第000000000 號與86年8 月9 日台財稅第000000000 號及95年12月21日台財稅字第09504563401 號函釋之案情有別，不能援引。本件原告80至84年間既未申請採用直接扣抵法，縱事後於85年6 月1 日申請並經核准採用直接扣抵法，依首揭規定，亦應自核准日（85年6 月1 日）起方有其適用，是被告認定原告應依比例扣抵法計算系爭應補稅額，並無不合。所訴各節委無足採，本件原處分應予維持。
㈢最高行政法院發回更審理由略謂：「原判決既有判決不備理由及不適用法規之違法，上訴意旨，求予廢棄，為有理由，又由於被上述人所主張取得固定資產而生之進項稅額究竟若干，是否已全數抵繳補報股利收入之應補繳稅額，涉及被上訴人之退稅請求權問題，而卷內並無相關資料可資認定，本院無從判決，爰將原判決廢棄發回原審法院再為調查審認，另為適法之裁判。」。
㈣營業人未及時依營業稅法第39條第1 項第2 款規定行使權利，其退稅請求權已不存在﹙留抵稅額57,194,219元=66,866,876 元減9,672,657 元，已依法留抵他期應付營業稅。﹚。80至84年補報之股利收入依行為時之營業稅法規定，係兼營營業人應依兼營營業人調整稅額計算辦法計算應納稅額並於年度結束時彙總列入當年度最後乙期免稅銷售額，營業人如欲變更採用直接扣抵法計算應納稅額，應事前提出申請﹙原告80至84年未提出申請﹚。
㈤原告明知80-84 年度經營之業務內容含投資業務亦獲配股利收入係屬兼營營業人而非專營應稅之營業人，80-84 年間並未依行為時之加值型及非加值型營業稅法第19條第3 項及第36條第1 項之規定，申請適用直接扣抵法﹙兼營營業人營業稅額計算辦法第8 條之1 規定，直接扣抵法需檢具其符合前述規定要件之資料﹚計算營業稅額，且並未在每期營業稅申報時檢附兼營營業人申請核准採用直接扣抵法營業稅額調整計算表，另依行為時之營業稅法規定，未經申請且核准者即為按比例計算進項稅額之兼營營業人。且原告於85年5 月27日申請函敘明：「補申報本公司80至84年各年度取得之股利收入，依『兼營營業人稅額計算辦法』計算進項稅額不得扣抵比例金額計新臺幣9,672,657 元〈比例扣抵法計算所得出之金額〉，請准以歷年累積留抵稅額66,866,876元辦理補繳稅款及加計利息，並請退還各該年度因取得固定資產而溢付之進項稅額」。從申請函之原意及附件可知補報補繳後按比例扣抵法計算補繳稅額9,672,657 元〈如申請函自行計算之附表〉。原告85年6 月1 日方提出申請〈自85年6 月1 日起〉採用直接扣抵法，自應自核准日〈85.6.1〉起方有適用，且申請函內並未主張溯及過去〈80年至84年〉以直接扣抵法計算，核與財政部86年1 月18日台財稅第851928790 號函釋、86年8 月9 日台財稅第861911195 號函釋及95年12月21日台財稅字第09504563401 號函釋之案情有別，自無得援引適用，以維持行政處分確定之法律秩序，否則原按比例扣抵法核課確定之兼營營業人，於適用比例扣抵法後，再次以適用法令錯誤或計算錯誤申請更正或退還以前年度已繳之營業稅，稽徵秩序難以維繫。
㈥按「營業人因兼營第8 條第1 項免稅貨物或勞務，或因本法其他規定而有部分不得扣抵情形者，其進項稅額不得扣抵銷項稅額之比例與計算辦法，由財政部定之。」「前項稱兼營營業人，指依本法第4 章第1 節規定計算稅額，兼營應稅及免稅貨物或勞務者，或兼依本法第4 章第1 節及2 節規定計算稅額者。」為行為時營業稅法第19條第3 項、兼營營業人營業稅額計算辦法（以下簡稱兼營辦法）第2 條2 項所明定。」；次按「兼營營業人當期應納或溢付營業稅額之計算公式如左：應納或溢付稅額＝銷項稅額－（進項稅額－依本法第19條第1 項規定不得扣抵之進項稅額＊（1 －當期不得扣抵比例））」。為行為時兼營辦法第4 條規定。又「兼營營業人最近3 年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得向稽徵機關申請核准採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及進口貨物、購買本法第36條第1 項勞務之應納稅額。但核准後3 年內不得申請變更。」為行為時兼營辦法第8 條之1 第1 項所規定。查原告已於85年6 月1 日另案申請適用直接扣抵法，並經臺北市稅捐稽徵處大安分處於85年6 月8 日以北市稽大安（甲）字第26448 號函，核准自85年6 月1 日起採用直接扣抵法在案，自無追溯既往之適用。本案原告85年5 月27日申請書（被告收文編號：大安收文第24795 號）（附件一）主旨為：「補申報本公司80至84年各年度取得之股利收入，依『兼營營業人稅額計算辦法』計算進項稅額不得扣抵比例金額計新臺幣（以下同）9,672,657 元，請准以歷年累積留抵稅額66,866,876元辦理補繳稅款及加計利息，並請退還各該年度因取得固定資產而溢付之進項稅額。」，其中依『兼營營業人稅額計算辦法』計算進項稅額不得扣抵比例金額計新臺幣（以下同）9,672,657 元，即原告所附計算表中之「不得扣抵進項稅額（含固定資產）」欄之總計金額，亦即原告所主張之「採用比例扣抵法」所計算出之金額，由原告85年5 月27日之申請書中補報之金額顯示，原告申請補報時係明確採用比例扣抵法計算申報應納稅額無誤。
㈦按「營業人申報之左列溢付稅額，應由主管稽徵稽機關查明後退還之：（一）因銷售第七條規定適用零稅率貨物或勞務而溢付之營業稅。（二）因取得固定資產而溢付之營業稅。（三）因合併、轉讓、解散或廢止申請註銷登記者，其溢付之營業稅。」為行為時營業稅法第39條第1 項規定。原告85年5 月27日申請書主旨後段「．．．．．．並請退還各該年度因取得固定資產而溢付之進項稅額。」，其申請書之說明四：「按本公司80至84年度因取得固定資產而溢付之進項稅額．．．．．．惟依營業稅法第39條第1 項第2 款規定，因取得固定資產而溢付之營業稅，應由主管機關查明後退還之．．．．．．且該等固定資產係供出租使用，其相對收入業均課徵營業稅在案，故其進項稅額自不應再併入兼營營業人營業稅額調整計算表中．．．．．．」，足資證明原告85年5 月27日申請書係申請固定資產退稅無誤。然原告並未提示相關資料供主管稽徵稽機關查明審理，且原告因取得固定資產溢付之營業稅，於原審96年10月9 日準備程序中表示，91年留抵金額為0 元﹙查原告留抵稅額線上查詢畫面8904期營業稅申報留抵金額為0 元﹚，可知已抵用完畢，並無爭執實益，因而原告均不再爭執「取得固定資產溢繳之留抵稅額57,194,219元」此部分，並經記明筆錄在案。本件原告80至84年間既未申請採用直接扣抵法，縱事後於85年6 月1 日申請並經核准採用直接扣抵法，依首揭規定，亦應自核准日（85年6 月1 日）起方有其適用，從而原處分並無違誤，應予維持。
㈧綜上論述，原處分及訴願決定並無違誤等語，資為抗辯。並聲明求為判決駁回原告之訴、訴訟費用由原告負擔。
四、上開事實概要欄所述之事實，除後列之爭點事項外，其餘為兩造所不爭執，並有原處分書、大安分處91年12月26日北市稽大安甲字第09165565201 號函、原告85年6 月1 日請求改用直接扣抵法申請書、財政部賦稅署91年1 月8 日台稅二發字第0910450368號函、臺北市稅捐稽徵處85年度營業稅隨課違章406 核定稅額繳款書、大安分處營業稅91年12月更正核定單、原告91年7-8 月台北市營業人銷售額與稅額申報書（403 ）、原告80至84年度營業人申報固定資產退稅清單、原告80至84年度臺北市營業人銷售額與稅額申報書（401 ）、原告80至84年度兼營營業人營業稅額調整計算表、財政部83年10月19日台財稅第831615281 號函、臺北市稅捐稽徵處營業稅或滯怠報金補徵計算表、原告85年1-4 月台北市營業人銷售額與稅額申報書（401 ）、被告所屬大安分局93年1 月7 日財北國稅大安營業字第0920214070號函、原告85年5 月27日請求退還稅額申請書等件分別附原處分卷、訴願卷及本院卷可稽，為可確認之事實。
五、本案適用之法令依據：
㈠行為時營業稅法第19條第3 項規定：「營業人因兼營第8 條第1 項免稅貨物或勞務，或因本法其他規定而有部分不得扣抵情形者，其進項稅額不得扣抵銷項稅額之比例與計算辦法，由財政部定之。」。
㈡行為時營業稅法第39條規定：「營業人申報之左列溢付稅額，應由主管機關查明後退環之：…二、因取得固定資產而溢付之營業稅。…前項以外之溢付稅額，應由營業人留抵應納營業稅。但情形特殊者，得報經財政部核准退還之」。
㈢兼營辦法第7 條第1 項規定：「兼營營業人於報繳當年度最後一期營業稅時，應按當年度不得扣抵比例調整稅額後，併同最後一期營業稅額辦理申報繳納，．．．。」。
㈣兼營辦法第8 條之1 第1 項、第2 項規定：「兼營營業人最近3 年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得向稽徵機關申請核准採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及購買本法第36條第1 項勞務之應納稅額。但核准後3 年內不得申請變更。前項兼營營業人於年度中，經核准採用直接扣抵法計算營業稅者，其當年度已經過期間，應於改採直接扣抵法前報繳稅款之當期，視為當年度最後一期，依第7 條第1 項及第2 項規定辦理。」。
六、歸納兩造上述之主張，本件爭執之重點在於: 原告依營業稅法第39條第1 項第2 款主張之退稅請求權是否存在? 如屬存在，原告得否在以比例扣抵法計算繳納營業稅後，要求重新以直接扣抵法，計算應納營業稅? 原告主張之直接扣抵法如屬可採，金額為若干? 本院判斷如下：
㈠本件原告為兼營營業人，80至84年度按比例扣抵法計算繳納營業稅完畢，為兩造所不爭。85年5 月27日原告補報80至84年度之股利收入，以比例扣抵法計算其不得扣抵之應補繳營業稅為9,672,657 元，有申請書謂「本公司於80至84年各年度取得之股利收入，依財政部78年5 月22日台財稅第780651695 號函規定應按『兼營營業人營業稅額計算辦法』計算不得扣抵之進項稅額9,672,657 元，爰依首揭規定辦理自動補報並補繳所漏稅額，請准免予處罰。…故本公司擬以85年1
、2 月份之留抵稅額計66,866,876元，抵繳前開80年至84年度依「兼營營業人計算辦法」計算不得扣抵之進項稅額，唯因歷年累積留抵稅額均遠大於各年度應補繳之不得扣抵進項稅額，故有關自動補報並補繳之所漏稅款，即不應再依稅捐稽徵法第48條之1 第2 項加計利息。」可稽( 見原處分卷第218-221 頁) 。又由於該公司有大量留抵稅額，故該申請書一併主張「本公司80至84年度因取得固定資產而溢付之進項稅額計102,035,555 元，原申報各該期營業稅額時，均併入一般進項稅額申報，致歷年進項稅額遠大於銷項稅額而產生鉅額留抵稅額，唯依營業稅法第39條第1 項第2 款規定，因取得固定資產而溢付之營業稅，應由主管稽徵機關查明後退還之，復依營業稅法施行細則第43條規定：『本法第四章第一節規定計算稅額之營業人，取得固定資產而有溢付營業稅額者，其可退還之稅額，為該固定資產之進項稅額。』本公司既屬營業稅法第四章第一節規定計算稅額之營業人，則該五年度因取得固定資產而溢付之進項稅額即應依規定准予退還，始稱允當。…」等語，故可見原告同時主張依營業稅法第39條第1 項第2 款請求退還因取得固定資產而溢繳之營業稅。又由於得申請退還之進項稅額，依營業稅法施行細則第43條規定以因固定資產而產生者為限，原告又主張：「其（取得固定資產之）進項稅額自不應再併入兼營營業人營業稅額調整計算表中，則依此計算本次自動補報實際不得扣抵進項稅額應為320,401 元，請惠准適用並退還因前揭自動補報並補繳所漏稅額而溢繳之金額9,352,256 元（9,672,657 元減320,401 元）」等語，故原告提起本件訴訟，請求判命被告應准許退還9,352,256 元（9,672,657 元減320,401 元）。至於其他因取得固定資產而產生溢繳之留抵稅額57,194,219元（66,866,876元減9,672,657 元），雖經原告同時申請退還，但因至起訴時業已留抵完畢而無餘額，故原告未再主張。
㈡按行為時營業稅法第14條規定：「營業人銷售貨物或勞務，除本章第2 節另有規定外，均應就銷售額，分別按第7 條或第10條規定計算其銷項稅額…。銷項稅額，指營業人銷售貨物或勞務時，依規定應收取之營業稅額。」。第15條規定「營業人當期銷項稅額，扣減進項稅額後之餘額，為當期應納或溢付營業說額（第1 項）。進項稅額，指營業人購買貨物或勞務時，依規定支付之營業稅額（第3 項）。」第35條規定：「營業人除本法另有規定外，不論有無銷售額應以每二月為一期，於次期開始15日內填具規定格式之申報書，檢附退抵稅款及其他有關文件，向主管機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額。」可見我國營業稅係以營業人在營業活動中所創造之貨物或勞務之加值為課稅基礎，由營業人向其購買貨物或勞務之人收取營業稅額，在稽徵技術上則運用銷項稅額減進項稅額之方式，以其餘額向國家繳稅，如有溢付，並不退還，而採留抵後期應納營業稅之方式處理。故行為時營業稅法第39條第2 項規定「前項以外之溢付稅額，應由營業人留抵應納營業稅。但情形特殊者，得報經財政部核准退還之」，申言之，營業人有溢付營業稅時，留抵為原則，至於前引同條第1 項所定之3 種得申請退稅之情形則為留抵之例外，本件原告主張之第2 款「因取得固定資產而溢付之營業稅」，係因固定資產之金額往往較為龐大，營業人須向前手支付大量之稅額，以取得固定資產，而固定資產又非為銷售而取得之商品，相當期間內不會被銷售以取得銷項稅額，是進項與銷項間在相當期間內難以平衡，取得固定資產之營業人等於預付大量之營業稅，對其並不公平，故規定給予營業人申請退稅之權利，惟該項權利既為留抵原則之例外，自應由營業人提出請求主張，並以請求時之留抵餘額作為得請求退稅之範圍。蓋溢付之營業稅額如營業人並未及時行使營業稅法第39條第1 項之權利，而經其依法留抵他期應付營業稅，則溢付稅額業已減少或不存在，基於法律關係安定之尊重，自不能允許營業人再溯及過去而主張退還業已不存在之溢付稅額。
㈢查，如前所述，原告85年5 月27日之申請書一方面表明補報80至84年度之股利收入，並按80年至84年一貫之比例扣抵法計算其不得扣抵之應補繳營業稅為9,672,657 元，復主張該公司擬以85年1 、2 月份之留抵稅額（含系爭固定資產所產生之進項稅額）計66,866,876元，抵繳前開80年至84年度依「兼營營業人計算辦法」計算不得扣抵之進項稅額，唯因歷年累積留抵稅額均遠大於各年度應補繳之不得扣抵進項稅額，故有關自動補報並補繳之所漏稅款，不僅因屬自動補報補繳（實際上係抵繳），被告不應予以處罰，亦不應再依稅捐稽徵法第48條之1 第2 項加計利息等語，此由原告之申請書說明欄二、三之敘述即明。則既屬同一筆留抵稅額，原告已主張抵銷80至84年度因漏報股利收入而應補繳之稅款，進而同時獲得免罰以及免加計利息之有利法律效果（註：被告原仍核定原告應就補報補繳之稅款加計利息，經原告訴願後，訴願機關財政部以91年9 月10日台財訴自第0000000000號決定，撤銷原復查決定命重為處分，被告即以91年12月20日北市稽法丙字第09165364500 重為復查決定，以原告短漏報股利及營業稅當期至補報日之各期留抵稅額均大於或等於短漏之營業說額，無須加計利息之理由，撤銷補徵利息之核定。訴願決定書、重核復查決定書見原處分卷）。另一方面又主張，該留抵稅額係因取得固定資產而產生，主張應依行為時營業稅法第39條第1 項第2 款退稅，則原告提出申請時之累積留抵稅額在其所主張9,672,657 元之範圍內應已抵銷補報股利收入應補繳之稅額而不存在，原告亦因而獲得免罰及免加計利息之有利效果，其再主張同一筆留抵稅額因屬取得固定資產而產生，對已行使完畢之留抵權，溯及過去，而要求應將該部分進項稅額單獨直接計算應扣抵數額而主張退稅，即是行使已消滅之權利，堪以認定。
㈣再按行為時「兼營營業人營業稅額計算辦法」第8 條之1 第1 項、第2 項規定：「兼營營業人最近3 年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得向稽徵機關申請核准採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及購買本法第36條第1 項勞務之應納稅額。但核准後3 年內不得申請變更。前項兼營營業人於年度中，經核准採用直接扣抵法計算營業稅者，其當年度已經過期間，應於改採直接扣抵法前報繳稅款之當期，視為當年度最後一期，依第7
條第1 項及第2 項規定辦理。」。換言之，兼營營業人擬採用直接扣抵法者，須檢具其符合前述規定要件之資料，向稽徵機關申請獲得許可後，始得向將來以直接扣抵法計算應納營業稅，不得溯及過去以直接扣抵法計算，此係維持法律關係之安定所必要。原告縱係主張取得固定資產之進項稅額應單獨計算，於85年5 月27日提出申請書主張採用直接扣抵法計算，揆諸前揭規定，原告須檢具其符合前述規定要件之資料，向稽徵機關申請獲得許可後，始得向將來以直接扣抵法計算應納營業稅，不得溯及過去自80年度適用直接扣抵法計算應納( 退) 稅額。而原告於85年6 月1 日另案申請適用直接扣抵法( 見原處分卷第356-357 頁) ，並經臺北市稅捐稽徵處大安分處於85年6 月8 日以北市稽大安（甲）字第26448 號函，核准自85年6 月1 日起採用直接扣抵法在案，應自核准日即85年6 月1 日起方有適用。從而，本件原告80至84年間既未申請採用直接扣抵法( 見本院卷第53頁) ，縱事後於85年5 月27日申請書主張採用直接扣抵法，並於85年6 月1 日另案申請經核准採用直接扣抵法，依首揭規定，亦應自核准日（85年6 月1 日）起方有其適用，不得溯及過去自80年度適用直接扣抵法計算應納( 退) 稅額。是被告認定原告應依比例扣抵法計算系爭應補稅額，否准所請，於法並無不合，亦無計算錯誤之情形。
㈤末按「兼營營業人未依81年9 月1 日修正施行之兼營營業人營業稅額計算辦法第8 條之1 規定選擇採用直接扣抵法，而採比例扣抵法計算稅額者，自上揭辦法修正施行之日起，其屬尚未核課確定之各年度案件，得申請採用直接扣抵法計算應納稅額。」及「81年9 月1 日修正施行之兼營營業人營業稅額計算辦法第8 條之1 修正施行之日起，兼營營業人原採用比例扣抵法計算稅額並繳納營業稅額，嗣後要求改按直接扣抵法計算稅額而經稽徵機關否准，於本部86年1 月18日臺財稅第851928790 號函釋發布前已提起行政救濟且尚未確定者，准依上開規定申請直接扣抵法計算應納稅額。」固經財政部86年1 月18日臺財稅第851928790 號函及86年8 月9 日臺財稅第861911195 號函核釋在案。惟本件係原告因取得固定資產產生溢付營業稅，申請依營業稅法第39條第1 項第2
款規定退還該溢付營業稅額，並非原告申請改採直接扣抵法計算應納稅額遭否准（事實上已核准原告自85年6 月1 日（申請日）起採用直接扣抵法），原告80至84年間並未申請採用直接扣抵法，該段期間原告之申報課稅資料均已按比例扣抵法計算核課確定，核與財政部86年1 月18日台財稅第000000 000號與86年8 月9 日台財稅第861911195 號函釋之案情有別，自無得援引適用。
㈥因本件不得採用直接扣抵法，故有關「原告主張之直接扣抵法如屬可採，金額為若干? 」之爭點，即毋庸審酌，附此敘明。
六、綜上所述，原告所訴各節，均非可採。原處分認事用法核無違誤，訴願決定遞予維持，亦無不合，原告徒執前詞，訴請撤銷原處分及訴願決定，並求為判決如訴之聲明第2 項所示，為無理由，應予駁回。
七、本件事證已臻明確，兩造其餘主張陳述，於判決結果不生影響，無庸一一論列，併予敘明。
據上論結，本件原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法第98條第1
項前段，判決如主文。
中　　華　　民　　國　　98　　年 12 月　 31 日臺北高等行政法院第三庭
審判長法 官 楊莉莉
法 官 畢乃俊
法 官　林惠瑜
上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中　　華　　民　　國　　98　　年　 12 月　 31 日書記官 劉道文