ข้อ ๒ มอบหมายให้ผู้อํานวยการสํานักตรวจสอบภาษีกลาง สําหรับเขตท้องที่ ทั่วราชอาณาจักร ผู้อํานวยการสํานักบริหารภาษีธุรกิจขนาดใหญ่ สําหรับผู้ประกอบธุรกิจขนาดใหญ่ตามที่กรมสรรพากรกําหนด และสรรพากรภาค สําหรับเขตท้องที่สํานักงานสรรพากรภาคนั้น สั่งงดเบี้ยปรับภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 89 แห่งประมวลรัษฎากร สําหรับคําร้องที่มีจํานวนเบี้ยปรับเต็มอัตราตามกฎหมายไม่เกิน 5,000,000 บาท ทั้งนี้ เฉพาะในกรณีบุคคลที่จะต้องเสียเบี้ยปรับได้กระทําความผิด ดังนี้
(1) ไม่จดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่มเนื่องจากเข้าใจว่าเป็นกิจการที่ได้รับการยกเว้นภาษีมูลค่าเพิ่ม และผู้ประกอบการเป็นบุคคลธรรมดา
“(2) ไม่จดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่ม เนื่องจากไม่ทราบว่าเมื่อรายรับต่อปีเกินกว่ามูลค่าของฐานภาษีของกิจการขนาดย่อมตามที่กําหนดโดยพระราชกฤษฎีกาซึ่งออกตามความในมาตรา 81/1 แห่งประมวลรัษฎากร ต้องจดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่ม และผู้ประกอบการเป็นบุคคลธรรมดา”
(แก้ไขเพิ่มเติมโดยคําสั่งกรมสรรพากร ที่ ท.ป.149/2549 ใช้บังคับ 1 เมษายน 2548 เป็นต้นไป)
(3) นําภาษีซื้อที่เกิดจากการก่อสร้างอาคารหรืออสังหาริมทรัพย์อื่นเพื่อใช้หรือจะ ใช้ในกิจการหลักประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มมาหักในการคํานวณภาษีมูลค่าเพิ่ม ต่อมาได้ขายหรือให้เช่าหรือนําไปใช้ในกิจการประเภทที่ไม่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม ภายในสามปีนับแต่เดือนที่ก่อสร้างเสร็จสมบูรณ์
(4) การกระทําความผิดในการเสียภาษีมูลค่าเพิ่มเกิดขึ้นภายในหนึ่งปี นับแต่วันที่เป็นผู้ประกอบการจดทะเบียน ในกรณี
(ก) มิได้เฉลี่ยภาษีซื้อหรือเฉลี่ยภาษีซื้อไม่เป็นไปตามหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขที่กําหนดตามประกาศอธิบดีกรมสรรพากรเกี่ยวกับภาษีมูลค่าเพิ่ม (ฉบับที่ 29) เรื่อง กําหนดหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขการเฉลี่ยภาษีซื้อตามมาตรา 82/6 แห่งประมวลรัษฎากร ลงวันที่ 9 มีนาคม พ.ศ. 2535
(ข) นําภาษีซื้อที่เกิดจากการซื้อทรัพย์สินเพื่อใช้หรือจะใช้ในกิจการประเภทที่ไม่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม หรือนําภาษีที่เกิดจากรายจ่ายของกิจการประเภทที่ไม่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มมาหักในการคํานวณภาษีมูลค่าเพิ่ม
(ค) นําภาษีซื้อตามมาตรา 82/5(2) ถึง (4) แห่งประมวลรัษฎากร มาหักในการคํานวณภาษีมูลค่าเพิ่ม
(ง) ออกใบเพิ่มหนี้และนําภาษีมูลค่าเพิ่มตามใบเพิ่มหนี้ไปหักออกจากภาษีซื้อแทนที่จะนําไปรวมเป็นภาษีขาย ทําให้ภาษีขายแจ้งขาด
(จ) ได้รับใบลดหนี้และนําภาษีมูลค่าเพิ่มตามใบลดหนี้ไปรวมเป็นภาษีขาย แทนที่จะนําไปหักออกจากภาษีซื้อ ทําให้ภาษีซื้อแจ้งเกิน