ข้อ ๔ หน้าที่และความรับผิดชอบที่สำคัญของส่วนงาน กทพ. มีดังต่อไปนี้
๔.๑ สำนักผู้ว่าการ ประกอบด้วย
๔.๑.๑ กองกลางและการประชุม มีหน้าที่ความรับผิดชอบงานสารบรรณของ กทพ. งานศูนย์เอกสาร งานประชุมของคณะกรรมการ กทพ. คณะกรรมการบริหารของ กทพ. ผู้บริหารระดับสูง ผู้บริหารระดับฝ่ายขึ้นไป และการประชุมอื่น ๆ ที่ได้รับมอบหมาย
๔.๑.๒ กองประชาสัมพันธ์ มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินการด้านงานประชาสัมพันธ์ งานสัมพันธ์ งานผลิตสื่อและให้บริการโสตทัศนูปกรณ์เพื่อการประชาสัมพันธ์ ดำเนินการผลิต ปรับปรุง เผยแพร่ข้อมูลข่าวสารผ่านเว็บไซต์ กทพ. และระบบเครือข่ายอินทราเน็ตของ กทพ. ให้บริการข้อมูลข่าวสารของ กทพ. โดยดำเนินงานศูนย์บริการข้อมูลผู้ใช้ทางพิเศษ (EXAT Call Center) รับเรื่องร้องเรียนและข้อเสนอแนะบริการผู้ใช้ทางพิเศษและประชาชนในเชิงรุกทางโทรศัพท์หมายเลข ๑๕๔๓ ตลอด ๒๔ ชั่วโมง
๔.๑.๓ กองกำกับดูแลกิจการที่ดี มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินงานศูนย์ข้อมูลข่าวสารของ กทพ. (EXAT Public Information Center) จัดข้อมูลข่าวสารให้ประชาชนเข้าตรวจดูได้และประสานงานให้มีการปฏิบัติตามพระราชบัญญัติข้อมูลข่าวสารของราชการ พ.ศ. ๒๕๔๐ พร้อมกับทำหน้าที่เป็นหน่วยงานเลขานุการในคณะกรรมการข้อมูลข่าวสารของ กทพ. จัดทำแผนแม่บทเชิงกลยุทธ์ด้านความรับผิดชอบต่อสังคมและแผนปฏิบัติการด้านความรับผิดชอบต่อสังคมของ กทพ. ดำเนินการเกี่ยวกับการพัฒนาระบบกำกับดูแลกิจการที่ดี ปฏิบัติหน้าที่ในฐานะฝ่ายเลขานุการของคณะอนุกรรมการกำกับดูแลกิจการที่ดี
๔.๑.๔ กองพัฒนาธุรกิจและการตลาด มีหน้าที่ความรับผิดชอบงานเกี่ยวกับการศึกษาความเหมาะสม การจัดให้มีและการพัฒนาอสังหาริมทรัพย์ หรือทรัพย์สินอื่น ๆ ของ กทพ. การประกอบธุรกิจเกี่ยวกับหรือเกี่ยวเนื่องกับ กทพ. รวมทั้งการบริหารจัดการงานการตลาดเพื่อส่งเสริมให้ประชาชนใช้บริการทางพิเศษมากขึ้น
๔.๒ สำนักตรวจสอบภายใน ประกอบด้วย
๔.๒.๑ กองตรวจสอบภายใน ๑ มีหน้าที่ความรับผิดชอบวางแผนการตรวจสอบและดำเนินการตรวจสอบการปฏิบัติงานตลอดจนให้ข้อเสนอแนะแก่หน่วยงานภายใน กทพ. เพื่อให้การปฏิบัติงานเป็นไปตามกฎ ระเบียบ ข้อบังคับ นโยบายและแผนงาน และสนับสนุนให้ฝ่ายบริหารและฝ่ายจัดการสามารถควบคุมกำกับการปฏิบัติงานให้เกิดประสิทธิผล ประสิทธิภาพ และประหยัด สอบทานกระบวนการบริหารความเสี่ยง การควบคุมภายใน และการกำกับดูแลกิจการ รวมทั้งปฏิบัติงานในคณะกรรมการตรวจสอบ (Audit Committee) เพื่อตรวจสอบการบริหารงานและการจัดการของ กทพ.
๔.๒.๒ กองตรวจสอบภายใน ๒ มีหน้าที่ความรับผิดชอบเช่นเดียวกับกองตรวจสอบภายใน ๑
๔.๓ ฝ่ายบริหารทั่วไป ประกอบด้วย
๔.๓.๑ กองบริหารทรัพยากรบุคคล มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับการบริหารทรัพยากรบุคคล ทั้งงานวางแผนและจัดอัตรากำลังให้เกิดประโยชน์สูงสุดแก่ กทพ. การสรรหา บรรจุ แต่งตั้ง งานประเมินผลบุคลากร และงานข้อมูลระบบงานบุคคล
๔.๓.๒ กองสวัสดิการและพนักงานสัมพันธ์ มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานสวัสดิการ สิทธิประโยชน์ต่าง ๆ งานบริหารสิทธิประโยชน์ของพนักงาน ลูกจ้างและครอบครัว กองทุนสำรองเลี้ยงชีพ กองทุนสวัสดิการการทางพิเศษแห่งประเทศไทย งานพนักงานสัมพันธ์ รวมทั้งงานความปลอดภัย อาชีวอนามัย และสภาพแวดล้อมในการทำงาน
๔.๓.๓ กองพัฒนาทรัพยากรบุคคล มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับการพัฒนาทรัพยากรบุคคล การบริหารจัดการความรู้ การจัดทำและเสริมสร้างวัฒนธรรมองค์กร การรวบรวมองค์ความรู้และผลักดันกระบวนการเรียนรู้ระดับองค์กร รวมทั้งงานที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย
๔.๓.๔ กองจัดซื้อจัดจ้าง มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินการจัดซื้อ จัดจ้าง บริหารงานพัสดุ และงานอื่น ๆ ที่ได้รับมอบหมาย
๔.๓.๕ กองพัฒนาองค์กร มีหน้าที่ความรับผิดชอบวิเคราะห์ข้อมูลด้านการจัดการและให้ข้อเสนอแนะแก่ผู้บริหารและคณะอนุกรรมการในเรื่องที่เกี่ยวข้องกับการเพิ่มประสิทธิภาพทางการจัดการขององค์กร ดำเนินการเกี่ยวกับการจัดระบบงานและบริหารจัดการระบบงานขององค์กรให้มีประสิทธิภาพสูงสุด โดยวิเคราะห์ รวบรวมปัญหาและให้ข้อเสนอแนะเพื่อพัฒนาปรับปรุงและบริหารจัดการระบบงานขององค์กร รับผิดชอบเกี่ยวกับการนำระบบการบริหารจัดการเพื่อสร้างมูลค่าเพิ่มเชิงเศรษฐศาสตร์และระบบประเมินคุณภาพของรัฐวิสาหกิจมาใช้ในองค์กร
๔.๔ ฝ่ายการเงินและบัญชี ประกอบด้วย
๔.๔.๑ กองการเงิน มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินการด้านการเงิน ด้านการตรวจจ่ายและรับผิดชอบงานศูนย์บริการที่เดียวเบ็ดเสร็จ (One Stop Service Center) รวมทั้งดำเนินการบริหารงานศูนย์หักบัญชี (Clearing House) ในการจัดเก็บค่าผ่านทางอัตโนมัติ (Electronic Toll Collection : ETC)
๔.๔.๒ กองบัญชี มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินการจัดทำ วิเคราะห์ และประมวลผลข้อมูลตามหลักการบัญชีที่รับรองทั่วไป จัดทำรายงานเสนอต่อผู้บริหาร
๔.๔.๓ กองงบประมาณ มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินการด้านงานงบประมาณทำการ งบประมาณลงทุน งบประมาณแผ่นดิน รวมทั้งการบริหารและการรายงานผลการดำเนินงาน
๔.๔.๔ กองตรวจสอบรายได้ มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินการตรวจสอบรายได้ค่าผ่านทางพิเศษ และเสนอแนะเพื่อควบคุมการเก็บรายได้ของระบบทางพิเศษ รวมทั้งตรวจสอบรายได้อื่น ๆ นอกจากค่าผ่านทางพิเศษ
๔.๔.๕ กองบริหารการเงินและการลงทุน มีหน้าที่ความรับผิดชอบบริหารจัดการด้านการเงินโดยจัดทำแผนและการดำเนินการตามแผนทางการเงิน และบริหารการดำเนินการตามสัญญาโอนและรับโอนสิทธิในรายได้ค่าผ่านทาง (Revenue Transfer Agreement : RTA) ของการระดมทุนผ่านกองทุนรวมโครงสร้างพื้นฐานเพื่ออนาคตประเทศไทย (Thailand Future Fund : TFF)
๔.๕ ฝ่ายนโยบายและแผน ประกอบด้วย
๔.๕.๑ กองวางแผนและวิเคราะห์โครงการ มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินการวางแผน ศึกษา วิเคราะห์ความเหมาะสมทั้งทางด้านวิศวกรรม เศรษฐกิจและการเงิน เพื่อให้ได้ระบบทางพิเศษที่มีประสิทธิภาพ
๔.๕.๒ กองประเมินผล มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินการติดตามโครงการที่นำไปปฏิบัติ รวบรวมสถิติ วิเคราะห์ และประเมินผลงานในการดำเนินงานของ กทพ. จัดทำรายงานสรุปผลการดำเนินงานของ กทพ. เพื่อใช้สำหรับให้บริการช่วยงานด้านบริหารและด้านโครงการ
๔.๕.๓ กองจัดการสิ่งแวดล้อม มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินการวางแผน ศึกษา วิเคราะห์ผลกระทบสิ่งแวดล้อมของทางพิเศษ กำหนดแผนงานและดำเนินการติดตามตรวจสอบผลกระทบสิ่งแวดล้อมของทางพิเศษที่อยู่ในความรับผิดชอบของ กทพ. รวมทั้งประสานงานกับส่วนงานต่าง ๆ เพื่อป้องกันและแก้ไขปัญหาผลกระทบสิ่งแวดล้อมอันเกิดจากการดำเนินโครงการของ กทพ.
๔.๖ ฝ่ายสารสนเทศ ประกอบด้วย
๔.๖.๑ กองระบบงานคอมพิวเตอร์ มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับการพัฒนาและบำรุงรักษาระบบงานคอมพิวเตอร์ให้เป็นไปตามความต้องการของผู้ใช้ระบบงาน ตรวจสอบประเมินผลระบบงานที่ออกแบบ และปรับปรุงระบบงานให้เหมาะสมตามเหตุการณ์ที่เปลี่ยนแปลง ฝึกอบรมและให้คำแนะนำในการใช้ระบบงานต่าง ๆ ที่พัฒนาเสร็จแล้วแก่ผู้ใช้ระบบงาน จัดการและบำรุงรักษาฐานข้อมูลรวม พร้อมทั้งการจัดทำแผนงานหลักด้านระบบสารสนเทศ
๔.๖.๒ กองปฏิบัติการคอมพิวเตอร์ มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับการออกแบบระบบคอมพิวเตอร์ ระบบเครือข่ายสื่อสาร ข้อมูล การกำหนดคุณลักษณะเฉพาะของระบบคอมพิวเตอร์และระบบเครือข่าย ให้บริการประมวลผลข้อมูล ควบคุมและบำรุงรักษาเครื่องคอมพิวเตอร์และอุปกรณ์ ควบคุมการทำงานของระบบเครือข่ายคอมพิวเตอร์ จัดทำสำรองข้อมูลทั้งระบบ จัดฝึกอบรมความรู้ทางด้านคอมพิวเตอร์ ควบคุม ดูแลระบบเครือข่ายอินเทอร์เน็ตและอินทราเน็ตในการให้บริการข้อมูลกับหน่วยงานต่าง ๆ ทั้งภายนอกและภายในองค์กร ศึกษา วิเคราะห์ จัดทำและปรับปรุงแผนงานด้านเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร ได้แก่ แผนแม่บทเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร แผนความมั่นคงปลอดภัยระบบเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร และจัดทำนโยบายความมั่นคงปลอดภัยระบบเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร และปฏิบัติงานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย
๔.๗ กองวิจัยและพัฒนา
มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินการเกี่ยวกับงานและการศึกษา ค้นคว้าวิจัยและพัฒนา การตรวจสอบ ทดสอบ ควบคุมคุณภาพของระบบทางพิเศษ ได้แก่ การพัฒนามาตรฐานระบบเก็บค่าผ่านทางอัตโนมัติ ระบบการขนส่งและจราจรอัจฉริยะ ข้อกำหนดเกี่ยวกับงานระบบทางพิเศษ ผลกระทบสิ่งแวดล้อมจากทางพิเศษ ระบบควบคุมคุณภาพของทางพิเศษ และตรวจสอบปัจจัยที่ทำให้เกิดอุบัติเหตุ รวมทั้งปฏิบัติงานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง
๔.๘ ฝ่ายกรรมสิทธิ์ที่ดิน ประกอบด้วย
๔.๘.๑ กองจัดกรรมสิทธิ์ที่ดิน มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินการเกี่ยวกับงานจัดกรรมสิทธิ์ที่ดิน เพื่อก่อสร้างทางพิเศษ
๔.๘.๒ กองพัฒนาเขตทางและรักษาเขตทาง ๑ มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินการเกี่ยวกับงานพัฒนาพื้นที่ในเขตทางพิเศษศรีรัช ช่วงบางโคล่ - แจ้งวัฒนะ ช่วงพญาไท ศรีนครินทร์ และทางพิเศษอุดรรัถยา (บางปะอิน - ปากเกร็ด) เพื่อให้เกิดประสิทธิภาพและประโยชน์สูงสุดแก่ กทพ. ในการให้เช่าและใช้พื้นที่ ตลอดจนดำเนินการเกี่ยวกับงานดูแล รักษา และป้องกันการบุกรุกเขตทางพิเศษ รวมตลอดถึงทางพิเศษที่จะเกิดขึ้นในอนาคตด้วย
๔.๘.๓ กองพัฒนาเขตทางและรักษาเขตทาง ๒ มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินการเกี่ยวกับงานพัฒนาพื้นที่ในเขตทางพิเศษเฉลิมมหานคร ทางพิเศษฉลองรัช และทางพิเศษบูรพาวิถี เพื่อให้เกิดประสิทธิภาพและประโยชน์สูงสุดแก่ กทพ. ในการให้เช่าและใช้พื้นที่ ตลอดจนดำเนินการเกี่ยวกับงานดูแลรักษาและป้องกัน การบุกรุกเขตทางพิเศษ รวมตลอดถึงทางพิเศษที่จะเกิดขึ้นในอนาคตด้วย
๔.๙ ฝ่ายกฎหมาย ประกอบด้วย
๔.๙.๑ กองคดี มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินการด้านคดีที่ กทพ. เป็นคู่ความหรือผู้เสียหาย การวางทรัพย์ และการบังคับคดี
๔.๙.๒ กองนิติการ มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินการด้านสัญญา ด้านนิติการ ด้านวินัยของพนักงาน รวมทั้งความรับผิดทางละเมิดของพนักงาน การระงับข้อพิพาทตามสัญญาต่าง ๆ งานอุทธรณ์และระเบียบข้อบังคับ รวมทั้งปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย
๔.๑๐ ฝ่ายก่อสร้างทางพิเศษ ประกอบด้วย
๔.๑๐.๑ กองวิศวกรรมทางพิเศษ ๑ มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินงานด้านการออกแบบรายละเอียดและควบคุมงานก่อสร้างทั้งด้านเทคนิคและสัญญา ตลอดจนประสานงานสาธารณูปโภคและงานจัดกรรมสิทธิ์ที่ดิน และจัดทำทางเข้า - ทางออก ในระหว่างการก่อสร้าง รวมทั้งแก้ไขปัญหาความเดือดร้อนให้กับประชาชน
๔.๑๐.๒ กองวิศวกรรมทางพิเศษ ๒ มีหน้าที่ความรับผิดชอบเช่นเดียวกับกองวิศวกรรมทางพิเศษ ๑
๔.๑๐.๓ กองออกแบบและก่อสร้าง มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินการเกี่ยวกับงานออกแบบและควบคุมการก่อสร้างทั้งทางด้านวิศวกรรมและสถาปัตยกรรมอาคารต่าง ๆ และงานออกแบบภูมิสถาปัตยกรรมตามอาคารต่าง ๆ รวมทั้งในเขตทางพิเศษทั้งหมด
๔.๑๐.๔ กองบริหารงานกลาง มีหน้าที่ความรับผิดชอบบริหารงานโครงการด้านเอกสารและการประสานงานกับหน่วยงานภายในและภายนอกที่เกี่ยวข้องกับงานออกแบบ ควบคุมงานก่อสร้าง และงานรื้อย้ายสาธารณูปโภค รวมทั้งการประสานงานแก้ไขความเดือดร้อนอันเนื่องมาจากการก่อสร้าง ปฏิบัติหน้าที่เลขานุการโครงการอาวุโส ประสานงานเรื่องการจัดทำงบประมาณ แผนบริหารความเสี่ยง งานประชาสัมพันธ์โครงการ และมาตรการควบคุมภายในของฝ่ายก่อสร้างทางพิเศษ
๔.๑๑ ฝ่ายบำรุงรักษา ประกอบด้วย
๔.๑๑.๑ กองบำรุงรักษาทาง มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินการวางแผน ตรวจสอบบำรุงรักษา และซ่อมแซมทางพิเศษ สะพาน และไหล่ทาง
๔.๑๑.๒ กองบำรุงรักษาอาคารและความสะอาด มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินการด้านการดูแลบำรุงรักษาและซ่อมแซมอาคารสถานที่ เรื่องความสะอาด การรักษาความปลอดภัย บำรุงรักษาต้นไม้และสนามหญ้าในเขตทางพิเศษ บริเวณอาคารต่าง ๆ และไหล่ทาง
๔.๑๑.๓ กองบำรุงรักษาอุปกรณ์ มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินการวางแผน ตรวจสอบ บำรุงรักษาอุปกรณ์อิเล็กทรอนิกส์ในระบบทางพิเศษทั้งหมด ได้แก่ อุปกรณ์เก็บค่าผ่านทางพิเศษ อุปกรณ์ควบคุมการจราจร และอุปกรณ์เครือข่าย รวมทั้งงานซ่อมบำรุงอุปกรณ์เก็บค่าผ่านทางอัตโนมัติ (ETC)
๔.๑๑.๔ กองไฟฟ้า เครื่องกลและยานพาหนะ มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินงานบำรุงรักษาระบบไฟฟ้าในทางพิเศษ ในอาคารและด่านฯ รวมทั้งเครื่องกลและยานพาหนะ
๔.๑๒ ฝ่ายควบคุมการจราจร ประกอบด้วย
๔.๑๒.๑ กองจัดการจราจร มีหน้าที่ความรับผิดชอบอำนวยการความสะดวกปลอดภัยอันเกี่ยวกับการจราจรบนทางพิเศษ ตรวจสอบ ควบคุมการใช้ทางพิเศษให้ถูกต้องตามกฎหมายควบคุมน้ำหนักรถบรรทุก และประสานงานกับตำรวจทางด่วน และบริษัทที่ร่วมทุนกับ กทพ. รวมทั้งปรับปรุงและแก้ไขปัญหาต่าง ๆ อันเกิดจากการให้บริการทางพิเศษ
๔.๑๒.๒ กองกู้ภัย มีหน้าที่ความรับผิดชอบจัดบริการด้านการกู้ภัยบนทางพิเศษ การควบคุมความปลอดภัยบนทางพิเศษ ให้ความช่วยเหลือผู้ใช้บริการทางพิเศษ บริการลากหรือยกรถเสียและรถเกิดอุบัติเหตุลงจากทางพิเศษ รวมทั้งปรับปรุงแก้ไขปัญหาต่าง ๆ อันเกิดจากการให้บริการทางพิเศษ
๔.๑๒.๓ กองสื่อสารและปฏิบัติการพิเศษ มีหน้าที่ความรับผิดชอบจัดบริการด้านการสื่อสารจราจร ประสานงานกับผู้เกี่ยวข้องในการปฏิบัติงานบนทางพิเศษ ควบคุมการดำเนินงานสื่อสารของศูนย์ควบคุมระบบทางพิเศษต่าง ๆ รวมทั้งการระงับเหตุ ควบคุม ประเมินและบริหารช่วยเหลืออุบัติเหตุ เหตุฉุกเฉินร้ายแรงที่เกิดจากสารเคมีและวัตถุอันตรายต่าง ๆ งานเฝ้าระวังตรวจตรา ดูแลรักษาและป้องกันการโจรกรรมทรัพย์สินของ กทพ. ในทางพิเศษทุกสายทาง รวมทั้งปรับปรุงแก้ไขปัญหาต่าง ๆ อันเกิดจากการให้บริการทางพิเศษ
๔.๑๓ ฝ่ายจัดเก็บค่าผ่านทาง ประกอบด้วย
๔.๑๓.๑ กองจัดเก็บค่าผ่านทาง ๑ มีหน้าที่ความรับผิดชอบในการกำกับดูแลและควบคุมการจัดเก็บค่าผ่านทางพิเศษ และดำเนินงานต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการจัดเก็บค่าผ่านทางพิเศษในทางพิเศษเฉลิมมหานคร รวมทั้งปรับปรุง แก้ไข เพื่อลดผลกระทบกับประชาชนอันเกิดจากการให้บริการทางพิเศษ
๔.๑๓.๒ กองจัดเก็บค่าผ่านทาง ๒ มีหน้าที่ความรับผิดชอบการจัดเก็บค่าผ่านทางพิเศษ และดำเนินงานต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการจัดเก็บค่าผ่านทางพิเศษในทางพิเศษศรีรัชและทางพิเศษอุดรรัถยา รวมทั้งปรับปรุง แก้ไข เพื่อลดผลกระทบกับประชาชน อันเกิดจากการให้บริการทางพิเศษ
๔.๑๓.๓ กองจัดเก็บค่าผ่านทาง ๓ มีหน้าที่ความรับผิดชอบในการกำกับดูแลควบคุมการเก็บค่าผ่านทางพิเศษและดำเนินงานต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการจัดเก็บค่าผ่านทางพิเศษระบบปิด (รับบัตร IC Card ที่ด่านฯ ทางเข้า และคืนบัตร IC Card ให้พนักงานที่ด่านฯ ทางออกเพื่อคำนวณอัตราค่าผ่านทางพิเศษตามระยะทางที่ใช้จริง) รวมทั้งปรับปรุง แก้ไข เพื่อลดผลกระทบกับประชาชนอันเกิดจาการให้บริการทางพิเศษ ในทางพิเศษบูรพาวิถี และทางพิเศษฉลองรัช
๔.๑๓.๔ กองจัดเก็บค่าผ่านทาง ๔ มีหน้าที่ความรับผิดชอบรับผิดชอบในการกำกับดูแล ควบคุมการเก็บค่าผ่านทางพิเศษและดำเนินงานต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการจัดเก็บค่าผ่านทางพิเศษระบบปิด (รับบัตร IC Card ที่ด่านฯ ทางเข้า และคืนบัตร IC Card ให้พนักงานที่ด่านฯ ทางออก เพื่อคำนวณอัตราค่าผ่านทางตามระยะทางที่ใช้จริง) รวมทั้งปรับปรุง แก้ไข เพื่อลดผลกระทบกับประชาชน อันเกิดจากการให้บริการทางพิเศษในทางพิเศษกาญจนาภิเษก (บางพลี-สุขสวัสดิ์)
๔.๑๓.๕ กองบริการธุรกรรมทางอิเล็กทรอนิกส์ มีหน้าที่ความรับผิดชอบในการบริหารและพัฒนางานระบบเก็บค่าผ่านทางพิเศษอัตโนมัติและการให้บริการธุรกรรมทางอิเล็กทรอนิกส์ การจัดหาระบบและบริการ เพื่อให้เกิดประสิทธิภาพสูงสุด พร้อมทั้งประสานงานกับหน่วยงานทั้งภายในและภายนอก กทพ.
๔.๑๔ กองวางแผนปฏิบัติการ
มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินงานด้านศึกษา วิเคราะห์ พัฒนา วางแผน และเสนอแนวทางการปรับปรุงและแก้ไขปัญหาการปฏิบัติงานของระบบงานทางพิเศษ ได้แก่ ระบบเก็บค่าผ่านทางพิเศษ และระบบความปลอดภัยและการจราจร เพื่อให้เกิดประสิทธิภาพสูงสุดในการปฏิบัติงานตรวจสอบรับเรื่องร้องเรียนและพิจารณาแก้ไขปัญหาเกี่ยวกับความเดือดร้อนของประชาชน อันเกิดจากโครงการระบบทางพิเศษภายหลังเปิดให้บริการและปฏิบัติงานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง
๔.๑๕ กองบริหารความเสี่ยงและควบคุมภายใน
มีหน้าที่ความรับผิดชอบดำเนินการศึกษาวิเคราะห์ความเสี่ยงด้านการดำเนินงานของ กทพ. และความเสี่ยงที่เกิดจากปัจจัยภายนอกองค์กรเพื่อจัดลำดับความสำคัญ และเสนอแนะแนวทางป้องกัน ปรับปรุง แก้ไข กำหนดแผนและมาตรการลดหรือกระจายความเสี่ยงกำกับดูแลและติดตามศึกษาวิเคราะห์ความเสี่ยงด้านการดำเนินงานและจัดระบบควบคุมภายใน รวมทั้งเป็นหน่วยงานกลางประสานงานด้านการควบคุมภายใน
