ข้อ ๔ สถาบันคุ้มครองเงินฝากมีโครงสร้างองค์กรและขอบเขตหน้าที่ความรับผิดชอบของแต่ละส่วนงาน ดังต่อไปนี้
(๑) ฝ่ายตรวจสอบภายใน มีหน้าที่ดำเนินงานที่เกี่ยวข้องกับการตรวจสอบและประเมินความเพียงพอของกระบวนการบริหารความเสี่ยง การควบคุม และกระบวนการกำกับดูแลอย่างเป็นระบบและระเบียบ
(๒) ฝ่ายวางแผนและวิจัย มีหน้าที่ดำเนินการงานที่เกี่ยวข้องกับการวางแผนกลยุทธ์ของสถาบัน และศึกษาวิจัยระบบการประกันเงินฝากที่มีประสิทธิภาพ
(๓) ฝ่ายบริหารความเสี่ยง มีหน้าที่ดำเนินการงานที่เกี่ยวข้องกับการบริหารความเสี่ยงด้านต่าง ๆ ขององค์กร เช่น ความเสี่ยงจากการลงทุน ความเสี่ยงด้านสภาพคล่อง ความเสี่ยงจากการคุ้มครองเงินฝาก ความเสี่ยงด้านการปฏิบัติการต่าง ๆ เป็นต้น
(๔) ฝ่ายสื่อสารองค์กร มีหน้าที่ดำเนินการงานที่เกี่ยวข้องกับงานด้านประชาสัมพันธ์ การสื่อสารองค์กร การเผยแพร่ข้อมูล และการเสริมสร้างภาพลักษณ์ของสถาบัน
(๕) ฝ่ายวิเคราะห์สถาบันการเงิน มีหน้าที่ดำเนินการงานที่เกี่ยวข้องกับการวิเคราะห์และติดตามฐานะสถาบันการเงินที่อยู่ในระบบคุ้มครองเงินฝาก รวมทั้งกลุ่มบริษัทที่เกี่ยวข้องกับสถาบันการเงินนั้น ๆ
(๖) ฝ่ายบริหารเงิน มีหน้าที่ดำเนินการงานที่เกี่ยวข้องกับการบริหารเงินภายใต้กรอบกฎหมายและนโยบายของสถาบันคุ้มครองเงินฝาก รวมทั้งเตรียมความพร้อมด้านสภาพคล่องสำหรับการจ่ายเงินคืนผู้ฝาก
(๗) ฝ่ายกฎหมาย มีหน้าที่ดำเนินการงานที่เกี่ยวข้องกับกฎหมายต่าง ๆ ของสถาบัน
(๘) ฝ่ายจ่ายคืนผู้ฝาก มีหน้าที่ดำเนินการงานที่เกี่ยวข้องกับการจ่ายคืนผู้ฝาก และจัดทำระบบต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการจ่ายคืนผู้ฝากของสถาบันการเงินที่ถูกเพิกถอนใบอนุญาต
(๙) ฝ่ายชำระบัญชีและบริหารสินทรัพย์ มีหน้าที่ดำเนินการงานที่เกี่ยวข้องกับการชำระบัญชีและบริหารสินทรัพย์ของสถาบันการเงินที่ถูกเพิกถอนใบอนุญาตและจัดทำระบบต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการชำระบัญชีและบริหารสินทรัพย์ของสถาบันการเงินที่ถูกเพิกถอนใบอนุญาต
(๑๐) ฝ่ายการเงินและการบัญชี มีหน้าที่ดำเนินการงานที่เกี่ยวข้องกับงานการเงินและการบัญชีของสถาบันคุ้มครองเงินฝาก
(๑๑) ฝ่ายทรัพยากรบุคคล มีหน้าที่ดำเนินการงานที่เกี่ยวข้องกับการบริหารทรัพยากรบุคคล และการพัฒนาบุคลากรของสถาบัน
(๑๒) ฝ่ายสนับสนุนงานองค์กร มีหน้าที่ดำเนินการงานที่เกี่ยวข้องกับกรรมการสถาบันและผู้บริหารระดับสูง งานด้านพิธีการต่าง ๆ งานด้านข้อมูลข่าวสารของสถาบัน งานการพัสดุและงานธุรการของสถาบัน
(๑๓) ฝ่ายเทคโนโลยีสารสนเทศ มีหน้าที่ดำเนินการงานที่เกี่ยวข้องกับระบบคอมพิวเตอร์ โครงสร้างพื้นฐานเทคโนโลยีสารสนเทศ และการพัฒนาระบบฐานข้อมูลของสถาบัน