ข้อ ๓ การสั่งการของพนักงานเจ้าหน้าที่ตามข้อ 2 ให้เป็นไปตามหลักเกณฑ์ ดังนี้
(1) เมื่อพบการกระทําที่ฝ่าฝืนตามพระราชบัญญัตินี้ เช่น กรณีที่ต้องแจ้ง การดําเนินการ หรือต้องได้รับอนุญาตก่อนดําเนินการ ให้สั่งการให้ระงับการกระทําที่ฝ่าฝืน ตั้งแต่วันที่ ได้รับคําสั่งเป็นต้นไป จนกว่าจะดําเนินการให้ถูกต้อง และหากพบว่าการฝ่าฝืนข้อห้ามทําให้เกิด ความเสียหายให้สั่งการให้แก้ไข หรือปรับปรุง หรือปฏิบัติให้ถูกต้อง
(2) เมื่อพบการกระทําที่ไม่ปฏิบัติตามพระราชบัญญัตินี้ เช่น กรณีที่ไม่ปฏิบัติ ตามข้อกําหนดให้ต้องปฏิบัติ หรือไม่ปฏิบัติตามเงื่อนไขการอนุญาต ให้สั่งการให้แก้ไข หรือปรับปรุง หรือปฏิบัติให้ถูกต้อง ภายในระยะเวลาที่กําหนด
(3) เมื่อมีเหตุอันสมควร เช่น พบว่าวัตถุอันตรายซึ่งการเก็บรักษาหรือจําหน่าย อาจมีอันตรายต่อบุคคล สัตว์ พืช และสิ่งแวดล้อม หรือกรณีมีเหตุสุดวิสัยทําให้การนําผ่านไม่สามารถ ดําเนินการได้ หรือกรณีต้องปฏิบัติให้เป็นไปตามอนุสัญญา สนธิสัญญาหรือข้อผูกพันระหว่างประเทศ ให้สั่งการให้ส่งออกไปเพื่อคืนให้แก่ผู้ผลิต หรือผู้จัดส่งวัตถุอันตรายนั้น หรือเพื่อการอื่นตามความเหมาะสม
การสั่งการตามวรรคหนึ่งต้องยึดหลักพอสมควรแก่เหตุ หลักความได้สัดส่วนระหว่างประโยชน์ ที่ส่วนรวมจะได้รับกับสิทธิและเสรีภาพและประโยชน์ที่บุคคลต้องเสียไป รวมทั้งยึดหลักความเสมอภาค และต้องไม่เป็นการเลือกปฏิบัติโดยไม่เป็นธรรมต่อบุคคล