Điều 17 Pháp lệnh thi hành án phạt tù có quy định: "Toà án đã cho tạm đình chỉ thi hành án phạt tù phải ra quyết định tiếp tục thi hành án để khi hết thời hạn, người được tạm đình chỉ thi hành án phải vào ngay trại giam để tiếp tục chấp hành hình phạt". Để thực hiện quy định này, chậm nhất là 7 ngày trước khi hết thời hạn tạm đình chỉ thi hành án phạt tù, Toà án đã cho tạm đình chỉ thi hành án phạt tù ra quyết định tiếp tục thi hành án và gửi quyết định đó cho cơ quan Công an cùng cấp và người bị kết án trước khi hết thời hạn tạm đình chỉ thi hành án phạt tù. Nếu quá thời hạn 7 ngày, kể từ ngày hết thời hạn tạm đình chỉ thi hành án phạt tù mà người bị kết án không có mặt ở cơ quan Công an để tiếp tục chấp hành hình phạt tù, thì cơ quan công an phải tổ chức áp giải người bị kết án đi chấp hành hình phạt tù.
c. Trong trường hợp người bị kết án được hoãn chấp hành hình phạt tù hoặc được tạm đình chỉ chấp hành phạt tù đã bỏ trốn, cũng như trong trường hợp người đang chấp hành hình phạt tù đã trốn khỏi trại giam, thì co quan công an phải ra lệnh truy nã đối với họ và gửi cho Toà án đã ra quyết định thi hành án bản sao lệnh truy nã đó, để Toà án theo dõi việc thi hành án và có căn cứ trong việc tính thời hiệu thi hành bản án.
d. Một trong những lý do để Toà án cho người bị kết án được hoãn hoặc tạm đình chỉ thi hành án phạt tù là "Người bị kết án ốn nặng". "Người bị kết án ốm nặng" là người bị kết án đau ốm tới mức không thể đi chấp hành hình phạt tù hoặc tiếp tục chấp hành hình phạt tù được, việc đi chấp hành hình phạt tù hoặc tiếp tục chấp hành hình phạt tù sẽ rất nguy hiểm đến tính mạng của họ và cần thiết phải cho họ được hoãn hoặc tạm đình chỉ chấp hành hình phạt tù để họ có điều kiện chữa bệnh (như bị bệnh ung thư, bị lao nặng, bị bại liệt...). Toà án chỉ xem xét để quyết định việc đó cho người bị kết án được hoãn hoặc tạm đình chỉ chấp hành hình phạt tù khi đã có quyết luận của giám định y khoa. Vì vậy, tuỳ trường hợp cụ thể mà giám thị trại giam, cơ quan công an, Viện Kiểm sát hoặc Toà án tổ chức giám định sức khoẻ của người bị kết án để có kết luận về bệnh trạng của họ (chi phí giám định do người bị kết án chịu).
Toà án đã ra quyết định hoãn hoặc tạm đình chỉ thi hành hình phạt tù có trách nhiệm phối hợp với chính quyền xã, phường, thị trấn nơi người bị kết án cư trú theo dõi bệnh trạng của họ để nếu thấy sức khoẻ của họ đã phục hồi thì ra ngay quyết định thi hành án đối với người được tạm hoãn chấp hành hình phạt tù hoặc quyết định tiếp tục thi hành án đối với người được tạm đình chỉ chấp hành hình phạt tù. Nếu toà án thấy khó đánh giá là sức khoẻ của người bị kết án đã phục hồi hay chưa, thì cần tổ chức giám định sức khoẻ của họ (chi phí giám định do người bị kết án chịu). Kết luận của giám định y khoa là căn cứ để Toà án quyết định việc cho họ tiếp tục được hoãn hoặc tạm đình chỉ chấp hành hình phạt tù hay ra quyết định thi hành án hoặc quyết định tiếp tục thi hành án đối với họ.
đ. Theo Điều 17 Pháp lệnh thi hành án phạt tù thì "Việc giảm thời hạn chấp hành hình phạt tù phải theo đúng quy định tại các Điều 49, 51 của Bộ luật hình sự và các điều 237, 238 của Bộ luật tố tụng hình sự", vì vậy, khi tiến hành việc giảm thời hạn chấp hành hình phạt tù, cơ quan Công an, Viện Kiểm sát, Toà án phải theo đúng quy định tại các điều 49, 51 của Bộ luật hình sự và các điều 237, 238 của Bộ luật tố tụng hình sự về đối tượng được xét giảm, điều kiện để xét giảm và thời hạn giảm; phải thực hiện đúng các hướng dẫn tại Thông tư liên ngành số 04-89/TTLN ngày 15-8-1989 của Toà án nhân dân tối cao, Viện kiểm sát Nhân dân tối cao, Bộ Tư pháp, Bộ Nội vụ về việc giảm thời hạn chấp hành hình phạt tù.
3. Việc đưa người đang chấp hành hình phạt tù bị mắc bệnh tâm thần vào cơ sở chuyên khoa để bắt buộc chữa bệnh.
Theo Điều 27 Pháp lệnh thi hành án phạt tù thì khi người đang chấp hành hình phạt tù có dấu hiệu mắc bệnh tâm thần thì theo đề nghị của giám thị trại giam, cơ quan quản lý thi hành án phạt tù có thẩm quyền phải trưng cầu giám định pháp y và gửi kết luận giám định cho Toà án có thẩm quyền ra quyết định áp dụng biện pháp bắt buộc chữa bệnh; Căn cứ vào kết luận của hội đồng giám định pháp y, Toà án ra quyết định đưa người bị mắc bệnh tâm thần vào cơ sở chuyên khoa y tế để bắt buộc chữa bệnh, (việc tổ chức các cơ sở chuyên khoa y tế để bắt buộc chữa bệnh đối với người đang chấp hành hình phạt tù mắc bệnh tâm thần sẽ được Bộ Y tế phối hợp với Bộ Nội vụ, Bộ Quốc phòng và Bộ tài chính quy định cụ thể).
Cơ quan quản lý thi hành án phạt tù có trách nhiệm theo dõi kết quả chữa bệnh. Khi có báo cáo của cơ sở chữa bệnh về việc người bị bắt buộc chữa bệnh đã khỏi bệnh, đơn yêu cầu của thân nhân người bị bắt buộc chữa bệnh hoặc yêu cầu của Viện Kiểm sát về việc đình chỉ thực hiện biện pháp bắt buộc chữa bệnh và kết luận của Hội đồng giám định pháp y, thì cơ quan quản lý thi hành án phạt tù phải gửi cho Toà án đã ra quyết định áp dụng biện pháp bắt buộc chữa bệnh để Toà án xem xét việc quyết định đình chỉ thực hiện biện pháp bắt buộc chữa bệnh và buộc người bị kết án tiếp tục chấp hành hình phạt tù.
Theo Điều 36 Bộ luật hình sự thì "Thời gian bắt buộc chữa bệnh được trừ vào thời gian chấp hành hình phạt tù", Vì vậy, nếu thời hạn chấp hành hình phạt tù hết trong khi người bị kết án đang bị bắt buộc chữa bệnh tại cơ sở chuyên khoa y tế dành cho người đang chấp hành hình phạt tù mắc bệnh tâm thần, thì cơ quan quản lý thi hành án phạt tù cần phải thông báo cho Toà án đã ra quyết định bắt buộc chữa bệnh biết là thời hạn chấp hành hình phạt tù của người bị kết án đã hết và thông báo cho gia đình họ biết để gia đình họ đến đưa họ về nhà hoặc đưa họ đến cơ sở chuyên khoa y tế (không phải dành riêng cho người đang chấp hành hình phạt tù mắc bệnh tâm thần) để chữa bệnh tiếp. Trong trường hợp người bị kết án không có gia đình, người thân thích ruột thịt, thì cơ quan quản lý thi hành án phạt tù phải phối hợp với cơ quan y tế, lao động - thương binh xã hội để chuyển họ đến cơ sở chuyên khoa y tế khác của ngành y tế để chữa bệnh cho họ.
4. Việc giải quyết người đang chấp hành hình phạt tù chết trong trại giam.
Theo Điều 28 Pháp lệnh thi hành án phạt tù thì "khi người đang chấp hành hình phạt tù chết trong trại giam, giám thị trại giam có trách nhiệm báo ngay cho cơ quan điều tra, Viện kiểm sát và cơ quan y tế gần nhất đến lập biên bản xác nhận nguyên nhân chết, có chứng kiến của đại diện những người đang chấp hành hình phạt tù; làm thủ tục khai tử với chính quyền cơ sở; đồng thời thông báo cho thân nhân người chết và Toà cấp tỉnh hoặc Toà án cấp quân sự cấp quân khu nơi có trại giam biết trước khi tổ chức việc chôn cất". Do đó, khi nhận được thông báo (như đã nhận được điện thoại, đã được báo trực tiếp bằng miệng hoặc bằng văn bản...), thì cơ quan điều tra, Viện Kiểm sát và cơ quan y tế phải cử người có thẩm quyền đến trại giam để cùng giám thị trại giam lập biên bản theo đúng thủ tục quy định. Sau 24 giờ, kể từ khi đã được báo mà các cơ quan nói trên không đến, thì giám thị trại giam tiến hành lập biên bản xác nhận nguyên nhân chết, có chứng kiến của đại diện những người đang chấp hành hình phạt tù, làm thủ tục khai tử với chính quyền cơ sở nơi có trại giam và tổ chức việc chôn cất. Toà án cấp tỉnh hoặc Toà án quân sự cấp quân khu cần kiểm tra để xem trong số những người đang chấp hành hình phạt tù được đề nghị tạm đình chỉ chấp hành hình phạt tù hoặc xét giảm thời hạn chấp hành hình phạt tù mà Toà án chưa giải quyết có tên người chết này hay không và nếu có thì ra quyết định đình chỉ việc giải quyết vì lý do người đó đã chết.
5. Để bảo đảm cho việc thi hành án phạt tù được thực hiện nghiêm chỉnh, bảo đảm công bằng xã hội, thì đối với những người bị kết án phạt tù, nhưng chưa chấp hành hình phạt tù hoặc chưa chấp hành xong hình phạt tù đã bỏ trốn ra nước ngoài và sau đó trở về Việt Nam đều phải bị bắt đi chấp hành hình phạt tù hoặc tiếp tục chấp hành hình phạt tù, nếu vẫn còn thời hiệu thi hành bản án quy định tại Điều 46 Bộ luật Hình sự.
6. Để tạo điều kiện cho Viện Kiểm sát thực hiện đúng các chức năng kiểm sát việc tuân theo pháp luật trong công tác thi hành án phạt tù, thì các bản sao quyết định hoặc các văn bản của Toà án, cơ quan công an, giám thị trại giam có nội dung liên quan đến việc thi hành án phạt tù đều được gửi cho Viện kiểm sát cùng cấp.
7. Việc trích xuất người đang chấp hành hình phạt tù
Việc trích xuất người đang chấp hành hình phạt tù ở các trại giam theo yêu cầu của cơ quan điều tra, Viện Kiểm sát, Toà án phải do thủ trưởng cơ quan quản lý trại giam quyết định. Theo quy định của Bộ Nội vụ về việc tổ chức quản lý trại giam hiện nay, thì việc trích xuất người đang chấp hành hình phạt tù ở các trại giam do V26 Bộ Nội vụ quản lý do thủ trưởng V26 Bộ Nội vụ quyết định; việc trích xuất người đang chấp hành hình phạt tù ở các trại giam do cơ quan công an tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quản lý là do Giám đốc công an tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quyết định.
Trong trường hợp sau khi nhận được văn bản yêu cầu của cơ quan điều tra, Viện kiểm sát, Toà án về việc trích xuất người đang chấp hành hình phạt tù mà những người có thẩm quyền quyết định việc trích xuất nói trên thấy rằng người đang chấp hành hình phạt tù đã được chuyển đến trại giam khác không thuộc quyền quản lý của cơ quan mình, thì những người đó có trách nhiệm chuyển văn bản yêu cầu của cơ quan điều tra, Viện Kiểm sát, Toà án cho cơ quan quản lý trại giam, nơi người bị kết án đang chấp hành hình phạt tù để quyết định việc trích xuất người đang chấp hành hình phạt tù theo thẩm quyền.
8. Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày ban hành.
Việc thi hành án phạt tù trong Quân đội do các tổ chức trong Quân đội đảm nhiệm và theo các hướng dẫn cụ thể của Bộ Quốc phòng.