Điều 6. Quan hệ phối hợp trong việc giải quyết kiến nghị đối với các trường hợp quyết định không khởi tố vụ án hình sự, hoặc quyết định khởi tố vụ án hình sự không có căn cứ
1. Trong quá trình tiếp nhận hồ sơ, giải quyết kiến nghị khởi tố do Cơ quan thanh tra chuyển đến, qua điều tra, xác minh nếu thấy không có căn cứ để khởi tố vụ án hình sự thì Cơ quan điều tra ra Quyết định không khởi tố vụ án hình sự và thông báo bằng văn bản, nêu rõ lý do không khởi tố để Cơ quan thanh tra biết.
2. Khi nhận được Quyết định khởi tố vụ án hình sự, Quyết định không khởi tố vụ án hình sự của Cơ quan điều tra, Viện kiểm sát phân công ngay Kiểm sát viên để kiểm tra tính có căn cứ, tính hợp pháp của các Quyết định đó và đề xuất bằng văn bản với Lãnh đạo Viện kiểm sát giải quyết như sau:
a) Nếu Quyết định không khởi tố vụ án hình sự của Cơ quan điều tra không có căn cứ, thì Viện kiểm sát ra Quyết định hủy bỏ quyết định đó và ra Quyết định khởi tố vụ án hình sự, chuyển cho Cơ quan điều tra có thẩm quyền thực hiện việc điều tra theo quy định tại Điều 109 của Bộ luật Tố tụng hình sự.
b) Nếu Quyết định khởi tố vụ án hình sự của Cơ quan điều tra không có căn cứ, thì Viện kiểm sát ra Quyết định hủy bỏ quyết định đó và yêu cầu Cơ quan điều tra giao lại hồ sơ cho Cơ quan thanh tra đã kiến nghị để giải quyết theo thẩm quyền.
3. Trường hợp không đồng ý với các Quyết định của Viện kiểm sát quy định tại các điểm a, b khoản 2 Điều 6 của Thông tư liên tịch này thì Cơ quan điều tra vẫn phải chấp hành, nhưng có quyền kiến nghị Viện kiểm sát cấp trên trực tiếp và báo cáo Cơ quan điều tra cấp trên trực tiếp; nếu là Cơ quan điều tra ở cấp Trung ương thì kiến nghị Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao, Viện trưởng Viện kiểm sát quân sự Trung ương xem xét, quyết định.
Trong thời hạn hai mươi ngày, kể từ ngày nhận được kiến nghị của Cơ quan điều tra, nếu Viện kiểm sát cấp trên trực tiếp đồng ý với kiến nghị của Cơ quan điều tra thì ra Quyết định hủy bỏ quyết định của Viện kiểm sát cấp dưới, nếu không đồng ý thì thông báo bằng văn bản nêu rõ lý do cho Cơ quan điều tra đã kiến nghị và Viện kiểm sát cấp dưới. Kết quả giải quyết của Viện kiểm sát cấp trên trực tiếp, quyết định của Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao, của Viện trưởng Viện kiểm sát quân sự Trung ương là quyết định cuối cùng.
4. Trường hợp Cơ quan thanh tra không đồng ý với Quyết định không khởi tố vụ án hình sự của Cơ quan điều tra mà Viện kiểm sát cùng cấp cũng cho rằng quyết định đó có căn cứ nên không hủy bỏ; hoặc Cơ quan thanh tra không đồng ý với Quyết định hủy bỏ Quyết định khởi tố vụ án hình sự của Viện kiểm sát thì có quyền kiến nghị Viện kiểm sát cấp trên trực tiếp. Trong trường hợp Cơ quan Thanh tra Chính phủ kiến nghị thì Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao xem xét, quyết định. Nếu Cơ quan thanh tra Bộ Quốc phòng kiến nghị thì Viện trưởng Viện kiểm sát quân sự Trung ương xem xét, quyết định.
Trong thời hạn hai mươi ngày, kể từ ngày nhận được kiến nghị, nếu Viện kiểm sát cấp trên trực tiếp đồng ý với kiến nghị của Cơ quan thanh tra thì hủy bỏ quyết định của Viện kiểm sát cấp dưới, nếu không đồng ý với kiến nghị của Cơ quan thanh tra thì thông báo bằng văn bản nêu rõ lý do. Kết quả giải quyết của Viện kiểm sát cấp trên trực tiếp, quyết định của Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao, của Viện trưởng Viện kiểm sát quân sự Trung ương là quyết định cuối cùng.
5. Khi Cơ quan điều tra đã khởi tố vụ án nhưng quá trình điều tra thu thập tài liệu, chứng cứ có kết quả khác với những nội dung ghi trong văn bản kiến nghị khởi tố của Cơ quan thanh tra thì Cơ quan điều tra thông báo bằng văn bản cho Cơ quan thanh tra đã kiến nghị khởi tố vụ án hình sự biết.