Điều 12. Cơ cấu tổ chức của Bộ Thủy lợi gồm có:
A. Các tổ chức sản xuất, kinh doanh trực thuộc Bộ, gồm liên hiệp các xí nghiệp, xí nghiệp liên hợp xây dựng ở các khu vực và các xí nghiệp độc lập.
Trước mắt các tổ chức sản xuất, kinh doanh trực thuộc Bộ gồm có:
1. Liên hiệp các xí nghiệp cơ khí điện thủy lợi;
2. Xí nghiệp liên hợp xây dựng thủy lợi khu vực I (Bắc Bộ);
3. Xí nghiệp liên hợp xây dựng thủy lợi khu vực II (Bắc Trung Bộ);
4. Xí nghiệp liên hợp xây dựng thủy lợi khu vực III (Trung Trung Bộ và Tây nguyên);
5. Xí nghiệp liên hợp xây dựng thủy lợi khu vực IV (Nam Bộ);
6. Các xí nghiệp độc lập do Bộ quyết định.
Liên hiệp các xí nghiệp, các xí nghiệp liên hợp xây dựng thủy lợi ở các khu vực và các xí nghiệp độc lập… là những đơn vị kế hoạch tự chịu trách nhiệm về sản xuất, kinh doanh theo chế độ hạch toán kinh tế, theo kế hoạch của Nhà nước và pháp chế xã hội chủ nghĩa.
Bộ trưởng Bộ Thủy lợi có trách nhiệm nghiên cứu sắp xếp về tổ chức, quy định chức năng, nhiệm vụ cụ thể của các đơn vị sản xuất kinh doanh trực thuộc Bộ.
B. Các cơ quan sự nghiệp gồm có:
1. Viện nghiên cứu khoa học thủy lợi.
Viện có nhiệm vụ:
- Xây dựng kế hoạch dài hạn và kế hoạch hàng năm về nghiên cứu khoa học - kỹ thuật, tổ chức và phối hợp các tổ chức nghiên cứu, các cơ sở thực nghiệm thuộc viện thực hiện các kế hoạch ấy sau khi được cấp có thẩm quyền xét duyệt và ghi vào kế hoạch Nhà nước;
- Tổ chức thực nghiệm các đề tài và kết qủa đã nghiên cứu; xây dựng các quy trình, quy phạm thực hiện những thành tựu đã nghiên cứu, trước khi đưa ra áp dụng rộng rãi.
- Thực hiện kế hoạch hợp tác quốc tế về nghiên cứu khoa học kỹ thuật thủy lợi theo sự phân công của Bộ hoặc Nhà nước.
2. Viện kinh tế thủy lợi.
Viện có nhiệm vụ:
- Nghiên cứu và phối hợp với các cơ quan của Bộ tổ chức nghiên cứu các chính sách đầu tư xây dựng, khai thác công trình thủy lợi; phương pháp tính toán hiệu quả kinh tế trong xây dựng và quản lý khai thác công trình thủy lợi; giá thành sản phẩm; phương thức, chế độ quản lý và hạch toán kinh tế trong sản xuất; kinh doanh của ngành; tổ chức lao động của ngành theo phương pháp khoa học;
- Nghiên cứu về mặt kinh tế các dự án phát triển ngành, dự án kế hoạch dài hạn và kế hoạch hàng năm của ngành do các cơ quan chức năng của Bộ lập nên để tham gia ý kiến trước khi Bộ quyết định các dự án ấy;
- Tổ chức việc thu thập và thông tin về kinh tế thủy lợi trong và ngoài nước.
3. Viện quy hoạch và quản lý Nhà nước.
Viện có nhiệm vụ:
- Lập và quản lý quy hoạch, điều hoà, phân phối, sử dụng nước trên từng lưu vực sông và trên toàn lãnh thổ;
- Lập và quản lý quy hoạch khai thác, tổ chức bảo vệ nguồn nước các lưu vực sông lớn có liên quan nhiều tỉnh, các lưu vực sông và các vùng có vị trí kinh tế quan trọng ở từng địa phương.
- Hướng dẫn chỉ đạo việc lập quy hoạch khai thác và tổ chức bảo vệ nguồn nước ở các lưu vực sông, các vùng thuộc diện quản lý của địa phương;
- Phân phối điều hòa nguồn nước giữa các lưu vực sông, giữa các ngành, các địa phương trong các kế hoạch phát triển kinh tế quốc dân dài hạn và hàng năm.
- Thẩm tra để giúp Bộ xét duyệt nhiệm vụ thiết kế các công trình thủy lợi và tham gia xét duyệt các công trình thủy lợi chuyên dùng của các ngành khác;
- Kiểm tra việc sử dụng và các biện pháp bảo vệ nguồn nước thải và bảo vệ môi trường nước của các hộ dùng nước trên các lưu vực sông;
- Tổ chức quản lý hệ thống thủy văn chuyên dùng.
4. Viện khảo sát và thiết kế thủy lợi.
Viện có nhiệm vụ:
- Khảo sát địa hình, địa chất phục vụ việc làm quy hoạch lưu vực sông, quy hoạch vùng và các giai đoạn thiết kế công trình thủy lợi có quy mô lớn do Bộ phụ trách xây dựng;
- Thiết kế các giai đoạn thiết kế công trình thủy lợi lớn (bao gồm cả thủy điện); thiết kế mẫu các công trình thủy lợi;
- Hướng dẫn công tác khảo sát thiết kế thủy lợi địa phương.
- Lập sơ đồ tổng thể trên từng lưu vực sông, từng vùng kinh tế lớn nhằm khai thác và bảo vệ nguồn nước theo sự phân công của Bộ.
5. Trường Đại học thủy lợi: trường có nhiệm vụ đào tạo cán bộ kỹ thuật, cán bộ quản lý kinh tế thủy lợi bậc đại học và bồi dưỡng cán bộ kỹ thuật trên đại học và cán bộ quản lý kinh tế.
6. Trường cao đẳng thủy lợi: có nhiệm vụ đào tạo cán bộ kỹ thuật, cán bộ quản lý kinh tế thủy lợi tương đương đại học về một số bộ môn.
7. Các trường trung học kỹ thuật, trung học nghiệp vụ và trường công nhân kỹ thuật thuộc diện quản lý của Bộ.
C. Các cơ quan chức năng quản lý Nhà nước gồm có:
1. Vụ Kế hoạch và thống kê.
2. Vụ quản lý khoa học - kỹ thuật.
3. Vụ cơ giới – cơ khí.
4. Vụ kế toán – tài vụ.
5. Vụ lao động - tiền lương.
6. Vụ tổ chức – cán bộ.
7. Vụ quản lý xây dựng cơ bản.
8. Vụ quản lý và khai thác thủy nông.
9. Vụ phòng chống lũ lụt và quản lý đê điều.
10. Ban thanh tra.
11. Văn phòng Bộ.
12. Hội đồng trọng tài kinh tế.
Thủ trưởng các vụ, viện, ban, hội đồng, văn phòng giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý Nhà nước theo nhiệm vụ và quyền hạn do Bộ trưởng quy định.