每年自六月一日至九月三十日為防洪運用期間，在此期間內第一次洪水來臨前，水位應儘可能降至規線上限標高以下，如水位因攔蓄洪水而升高至標高二百四十公尺以上時，在次一洪水來臨前，應儘可能降低至標高二百四十公尺以下。但八、九月份，在中央氣象局預測颱風有襲臺可能時，水位以溢洪道洩降至標高二百三十七‧五公尺，再利用發電及永久河道放水口洩放，儘可能降至標高二百三十七‧五公尺以下。
臺灣省石門水庫多目標運用規則（新 88.06.30 訂定） 第五章 防洪運用
§ 18–21共 4 條
本水庫在遇有颱風來襲時，北水局應依下列規定執行防洪作業：
一、颱風警報發布後：
(一) 水庫管理中心運轉課 (以下簡稱運轉課) 應根據氣象單位提供之颱風動態資料，繪製颱風動態紀錄圖，並將其動態呈報局長及水庫管理中心主任，同時通知有關單位。
(二) 運轉課應將颱風動態轉告石門電廠閘門操作組，並與其密切聯繫查核各項閘門設施、操作電源、緊急發電機、通信電話等運轉情況，俾免臨時故障，無法使用。
(三) 管水組養護課 (以下簡稱養護課) 應派人員，加強水庫各項工程結構物之維護觀測及檢查。
二、警報預測颱風將於六小時內侵襲本省時：
(一) 運轉課應加強與氣象單位聯繫。
(二) 運轉課應根據各氣象單位提供之各種氣象資料、颱風行徑等，研判該颱風對本水庫可能發生之各種情況，辦理水庫防洪運用之各種計算。
(三) 運轉課應增派人員參加日夜輪值。
三、警報預測颱風將於三小時內侵襲本省時：
(一) 水庫管理中心主任直接指揮督導水庫防洪運用。
(二) 養護課應增派維護觀測人員，加強各重要結構物及隧道內滲漏水量之監視，並隨時校核派駐工區各工作崗位人員之動態。
(三) 運轉課應與各水利會聯繫，停止各渠道灌溉用水之洩放，並研擬運用方案。
(四) 運轉課課長督導水文資料之分析研判。
四、颱風侵襲本省時：
(一) 運轉課派員駐守溢洪道閘門控制室，會同閘門操作組人員機動檢視溢洪道閘門之操作，必要時，得傳遞水位、洩洪資料或代水庫管理中心主任簽發操作命令。
(二) 運轉課應隨時根據氣象及水文資料予以分析研判，估計尖峰洪水流量，流量過程曲線及洪峰到達石門之時間。
(三) 計畫組資訊課應隨時與經濟部水利處 (以下簡稱水利處) 密切聯繫，將石門下游各溪流及台北地區水文狀況，呈報水庫管理中心主任作為防洪運用之參考。
(四) 運轉課應研擬運用方案呈報核備。
(五) 水庫管理中心主任應根據運用方案，決定水庫洩洪之時間及流量，正常時水庫運用操作命令之下達，均須經水庫管理中心主任之認可，以書面送達閘門操作組。
前項颱風警報，以中央氣象局發布之消息為準。
本水庫如有洩洪必要時，應在洩洪一小時以前將洩洪時間及可能洩洪量由水庫管理中心主任或運轉課課長，並通知水利處及桃園縣警察局防救中心。但為每秒六百立方公尺以下之調節性放水時，得不予通知。
水利處接獲北水局洩洪通知後，應即轉知警察暨新聞機關、台北市政府工務局及台北縣政府工務局，洩洪開始後水利處及北水局，仍應隨時密切聯繫，並由水利處將水庫洩洪情況繼續轉知上列各有關機關。
本水庫溢洪道閘門之操作，應按控制洩放及超高攔蓄方法為之，並遵守下列規定：
一、在確知上游洪水暴雨來臨後，即開啟閘門，將蓄水先行部分控制洩放，並利用閘門開啟後其頂高較啟開前超過部分增加攔洪量。
二、洩洪流量應視當時水位及進水流量，按溢洪道閘門操作關係曲線決定之。
三、進水流量以單位時間內水位昇高率推定之。
四、溢洪道閘門之操作，以六扇閘門同時開啟為原則。
五、溢洪道閘門之開度，以○‧六公尺為起點，每隔○‧三公尺為一級。前項溢洪閘門操作關係曲線如附圖二。
(編 註：附圖二請參閱行政院公報第 5 卷 29 期 140 頁)
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