所長綜理所務，並指揮監督所屬職員及機關，其職責如左：
一、檢疫業務興革與技術之研究改進。
二、港區、疫情業務之督導與考核。
三、重要公文之核判及工作計畫之決定。
四、會計、財務收支及編製概算之提示。
五、本所所屬人員依法任免、遷調、考核及獎懲。
六、各單位工作之監督、指導與考核。
七、各單位主管及職員之差假依法核定。
八、重要會議之主持及出席參加。
九、所屬職員出國進修、訓練、考察之遴派。
十、其他有關所務之處理。
行政院衛生署檢疫總所辦事細則 第三章 職責
§ 12–18共 7 條
副所長承所長之命，處理本所事務，其職掌如左：
一、襄理所長辦理檢疫業務興革與技術之改進研究。
二、襄理所長辦理檢疫業務執行之監督與考核。
三、有關防疫計劃方案及文稿之審核。
四、出席或主持與檢疫有關之會議或協調事宜。
五、臨時交辦事項。
主任秘書承所長之命，處理本所事務，其職責如左：
一、施政計劃之編擬。
二、機要文件之處理及研擬。
三、各種文稿之審核及代判。
四、各組、室工作之協調及聯繫。
五、本所有關會議 (報) 之協調聯繫。
六、所務 (主管) 會報裁示事項及所長交辦事項之追蹤。
七、研考業務之處理及公文稽催。
八、特種文書處理及列管案件年終考核評估。
九、各單位公文定期或不定期及年終抽查分析評估。
十、其他有關臨時交辦事項。
組長、室主任、分所長及中心主任各承所長之命處理業務，其職責如左：一、本組、室、分所及中心業務之處理及建議。
二、本組、室、分所及中心人員工作之分配、調度及指導。
三、出席或主持會議及主管案件之分配與文稿之審核。
四、主管業務之規劃及執行監督指導。
五、依分層負責授權之文稿核判。
六、所屬人員考核、獎懲之建議。
七、所屬人員給假、依授權假期之核定。
八、其他有關臨時交辦事項。
簡任技正襄佐所長綜理檢疫、疫情、港區衛生管理等業務，其職責如左：一、審核技術性業務之文稿。
二、有關業務計劃、規定之研擬與審核。
三、出席有關會議。
四、所長臨時交辦事項。
薦任技正承組長 (科長) 、分所長之命辦理有關檢疫、疫情、港區衛生管理等業務，其職責如左：
一、國際檢疫規章及檢疫技術之研究改進。
二、檢驗技術及檢驗方法之指導。
三、進出口物品抽驗技術之指導改進。
四、疫情資料彙整、疫病預防接種及傳染病、病源查驗預防之規劃。
五、有關檢疫、檢驗計劃之釐訂。
六、港區環境衛生、病媒管制、除蟲滅鼠、蒸燻消毒等業務技術之研究與督導。
七、入境航空器、船舶、人員及物品檢疫技術之研究。
八、國內外疫情監視、蒐集、調查報告及彙編。
九、支援地方衛生機關辦理傳染病防治工作。
十、其他臨時交辦事項。
技士、技佐、護士、專員、科員、雇員各承長官之命，辦理應辦公務，並各負其責，各盡其職。
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