本法第十七條第一款軍事審判程序尚未終結之刑事案件，於解嚴之日，依下列規定處理之： 一、偵查或再議中案件，移送該管檢察官。 二、初審、覆判或抗告中案件，尚未裁判或裁判尚未確定者，移送該管法院。 三、聲請再審或開始再審中案件，尚未裁判或裁判尚未確定者，移送該管法院。 四、聲請非常審判案件，移送最高檢察署檢察總長；已提起非常審判尚未判決者，移送最高法院。
根據國家安全法施行細則第44條的規定，對於尚未結束的軍事審判程序中刑事案件，在解嚴之日（指中華民國政府解除對台灣地區實施嚴格管制的措施），應按照以下規定處理： 一、對於正在進行偵查或重新審議的案件，應移送到負責該地區檢察官的管轄檢察官。 二、對於正在進行初審、覆判或上訴審的案件，尚未做出裁判或裁判尚未確定的情況下，應移送到負責該地區法院的管轄法院。 三、對於正在進行再審審判或開始再審的案件，尚未做出裁判或裁判尚未確定的情況下，應移送到負責該地區法院的管轄法院。 四、對於已提出非常審判聲請，但尚未作出判決的案件，應移送到最高檢察署檢察總長。而已提起非常審判但尚未作出判決的案件，則應移送到最高法院。 根據台灣法律資訊網的資料，國家安全法施行細則是根據國家安全法制訂的具體執行細則，目的是為了保護國家安全、維護社會秩序和安全。該細則對於軍事審判程序的處理提供了具體指引，確保案件能夠在合適的法律程序下進行審理。
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