資訊管理處分設五科，各科掌理事項如下： 一、第一科： (一) 關於行政院所屬各機關行政資訊系統之統籌規劃及優先順序研訂事項。 (二) 關於行政院所屬各機關行政資訊計畫之審議、管制及考核事項。 (三) 關於行政資訊管理之研究發展及綜合研議事項。 (四) 關於本處綜合業務及不屬其他各科業務事項。 二、第二科： (一) 關於政府網際服務網之運作、維護及管理事項。 (二) 關於行政資訊法規、標準之協調及推動事項。 (三) 關於電子資料流通與資料庫應用之協調及推動事項。 (四) 關於行政資訊安全之協調及推動事項。 (五) 關於政府電子認證之規劃、協調及推動事項。 三、第三科： (一) 關於政府機關辦公室自動化政策及推動策略之研議及規劃事項。 (二) 關於政府機關實施辦公室自動化之協調及推動事項。 (三) 關於政府機關辦公室自動化計畫之審議、管制及評估事項。 (四) 關於政府機關網路應用之協調及推動事項。 四、第四科： (一) 關於本會網路系統之規劃、發展及管理事項。 (二) 關於本會資訊系統之規劃及管理事項。 (三) 關於本會資訊系統之稽核及安全事項。 (四) 其他支援政府業務電腦化事項。 五、第五科： (一) 關於機關網路內容維護之協調及推動事項。 (二) 關於地方機關網路應用之協調及推動事項。 (三) 關於地方機關行政資訊系統發展之協調及推動事項。 (四) 關於地方機關資訊安全、稽核之協調及推動事項。
根據行政院研究發展考核委員會辦事細則第8條，資訊管理處分為五科，每科負責不同的事項。以第一科為例，該科的職責包括統籌規劃行政院所屬各機關行政資訊系統的事項，審議、管制和考核行政資訊計畫，以及研究發展和綜合研議行政資訊管理的事項，還包括處理不屬於其他科業務的綜合業務。其他科的職責也可以依此類推分析。參考來源可以是《行政院研究發展考核委員會辦事細則》的法律依據。
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