各機關中程施政計畫草案函報行政院後，由行政院研究發展考核委員會 (以下簡稱行政院研考會) 會同行政院秘書處、財政部、行政院主計處、行政院經濟建設委員會 (以下簡稱行政院經建會) 、行政院國家科學委員會(以下簡稱行政院國科會) 及行政院公共工程委員會等機關審查。 各機關依前項所定審查結果修正原計畫草案後，由行政院研考會彙提行政院會議。
根據行政院所屬各機關中長程計畫編審辦法第6條的規定，各機關在編審中長程計畫的過程中，需要將計畫草案函報行政院。行政院在收到各機關的計畫草案後，會組成由行政院研究發展考核委員會、行政院秘書處、財政部、行政院主計處、行政院經濟建設委員會、行政院國家科學委員會以及行政院公共工程委員會等機關組成的審查小組，對計畫進行審查。 審查結果出來後，各機關根據審查結果進行修正，然後行政院研考會將修正後的計畫草案彙整後提呈行政院會議討論。
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