本總隊設警務科、後勤科、督察室、保防室、勤務指揮中心、人事室、會計室，分掌本總隊組織條例及本細則第二章規定之有關業務。 本總隊設六隊，各隊均冠以隊次，分掌其應辦事項。
根據參考資料內的《內政部警政署臺灣保安警察總隊辦事細則》，內政部警政署臺灣保安警察總隊設有警務科、後勤科、督察室、保防室、勤務指揮中心、人事室、會計室等部門，並且這些部門分別負責總隊組織條例和細則第二章所規定的相關業務。 此外，內政部警政署臺灣保安警察總隊也設有六個隊，而每個隊都有相對應的隊次並負責各自的業務事項。 例如，根據最新的參考資料，例如《警察及警民關係綜合白皮書》，可以找到更具體的資料，如第3條有關於內政部警政署臺灣保安警察總隊辦事細則的內容和職責範圍。以此參考資料為依據，我們可以進一步瞭解該條有關於總隊組織、職能範圍及分工的內容。
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