直屬船隊職掌如下： 一、領海、鄰接區、專屬經濟海域與大陸礁層之巡邏執法、海難撈救及海洋資源生態維護事項。 二、遠洋漁業巡邏事項。 三、其他特殊任務之規劃及執行事項。
根據內政部警政署水上警察局辦事細則第17條，該條規定了水上警察局直屬船隊的職掌如下： 一、巡邏執法、海難撈救及海洋資源生態維護事項，包括領海、鄰接區、專屬經濟海域與大陸礁層的巡邏執法工作。這些工作包括對違法行為進行監視、巡邏和執法，並在發生海難時進行撈救工作。此外，也需要對海洋資源和生態進行維護，以確保海洋環境的保護和可持續利用。 二、遠洋漁業巡邏事項，主要工作是對遠洋漁業進行巡邏監察，以確保漁船的合法經營和漁業資源的合理利用。 三、其他特殊任務之規劃及執行事項，包括根據特殊需求規劃和執行相關任務。這些任務可能涉及到海上安全、反恐防暴、搜救救助等方面的工作。 例如，根據媒體報導，水上警察局直屬船隊在過去曾經對非法漁船進行巡邏執法，並在需要時進行警告或逮捕。另外，他們也參與了海難撈救行動，成功地救助了被困海上的船員。這些例子都與水上警察局辦事細則第17條的規定相關。
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