本局設行政課、經濟課、刑事課、後勤課、外事課、秘書室、督察室、人事室、保防室、會計室、勤務指揮中心、保安警察隊、分駐（派出）所，分別掌理內政部警政署港務警察局組織通則第二條及第二章所定之事項。本局得應業務需要，於金門港設分駐（派出）所，負責執行金門港區警察事務，並受本局之指揮監督。
根據內政部警政署高雄港務警察局辦事細則第3條，該局設有行政課、經濟課、刑事課、後勤課、外事課、秘書室、督察室、人事室、保防室、會計室、勤務指揮中心、保安警察隊和分駐（派出）所等部門，各部門負責內政部警政署港務警察局組織通則第2條及第2章所規定的事項。該局還根據業務需要，在金門港設有分駐（派出）所，負責執行金門港區的警察事務，並受到本局的指揮和監督。 參考資料：內政部警政署高雄港務警察局辦事細則第3條
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