根據國家中山科學研究院設置條例第20條，國防部對該院具有以下的監督權限： 1. 核定十年期國防科技發展構想與五年期國防科技研究、應用及產製計畫。 參考資料： 國家中山科學研究院設置條例第20條 範例：國防部核定了未來十年的國防科技發展構想，其中包括相應的五年期科技研究、應用和產製計畫。 2. 頒布國防科技發展之指導，並要求本院參加相關的重大建軍規劃會議。 參考資料：國家中山科學研究院設置條例第20條 範例：根據國防部的指導，本院要制定十年期的國防科技發展構想和五年期的科技研究、應用和產製計畫。此外，本院也需要參加與國防科技發展相關的重大建軍規劃會議。 3. 擬具十年期國防科技發展構想與五年期國防科技研究、應用、產製計畫及年度營運計畫、預算。 參考資料：國家中山科學研究院設置條例第20條 範例：本院擬定了十年期的國防科技發展構想以及五年期的科技研究、應用、產製計畫，並且也制定了相應的年度營運計畫和預算。
國防部對本院之監督權限如下： 一、十年期國防科技發展構想與五年期國防科技研究、應用及產製計畫之核定。 二、規章、年度營運（業務）計畫與預算、年度執行成果及決算報告書之核定或備查。 三、財產、財務及國家機密保護狀況之檢查。 四、營運績效之評鑑。 五、董事、監事之遴選及建議。 六、董事、監事於執行業務違反法令時，得為必要之處分。 七、本院違反憲法、法律、法規命令時，予以撤銷、變更、廢止、限期改善、停止執行或為其他處分。 八、自有不動產處分或設定負擔之核可。 九、其他依法律所為之監督。 國防部應要求本院參加與國防科技研究、應用與產製作業相關之重大建軍規劃會議，並得視建軍構想與兵力整建計畫之規劃情形，頒布國防科技發展之指導。 本院應依前項之指導，擬具十年期國防科技發展構想與五年期國防科技研究、應用、產製計畫及年度營運計畫、預算。
立法理由明定國防部對國家中山科學研究院之監督權限。
明定國防部對國家中山科學研究院之監督權限。
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