國家中山科學研究院設置條例第38條的內容主要是關於政府機關核撥該院經費的相關規定。根據這條法規，政府機關在核撥本院經費時，必須依法定的預算程序進行處理，同時也要受到審計的監督。如果該核撥的經費超過了本院當年度預算收入的50%，則國防部應該將本院的年度預算書提交立法院進行審議。 參考資料：國家中山科學研究院設置條例（https://law.moj.gov.tw/LawClass/LawAll.aspx?pcode=M0010011）
政府機關核撥本院之經費，應依法定預算程序辦理，並受審計監督。 前項經費超過本院當年度預算收入來源百分之五十者，應由國防部將本院年度預算書，送立法院審議。
立法理由一、政府核撥國家中山科學研究院經費之管理程序。 二、第二項為立法院對預算監督權。
一、政府核撥國家中山科學研究院經費之管理程序。 二、第二項為立法院對預算監督權。
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