根據國家中山科學研究院設置條例第5條，該院的經費來源主要包括政府核撥及補助、國內外公私立機構、團體及個人的捐贈、受託研究及提供服務的收入、營運及研發成果的收入，以及其他收入。 根據第2款，政府核撥及補助的經費原則上以國防部年度國防預算總額的百分之三為基準，但可以根據該院提出的國防專技前瞻研究專題或生產能量維持計畫的核定和執行情況進行調整。 根據第3款，第一項第二款的捐贈被視為對政府的捐贈。 根據第4款，第一項第一款的捐撥及補助經費不包括國防部支付給該院的武器裝備的委託製造費用。 以上解釋參考自「國家中山科學研究院設置條例」。
本院經費來源如下： 一、政府之核撥及捐（補）助。 二、國內外公私立機構、團體及個人之捐贈。 三、受託研究及提供服務之收入。 四、營運及研發成果收入。 五、其他收入。 前項第一款之捐（補）助經費，以國防部年度國防預算總額百分之三為原則，但得視本院所提國防專技前瞻研究專題或生產能量維持計畫之核定及執行情形調整。 第一項第二款之捐贈，視同對政府之捐贈。 第一項第一款之捐（補）助經費，不含國防部支付本院武器裝備之委託製造費用。
立法理由一、第一項第一款所定政府之核撥，指國防部對本院軍文職人員薪俸、各項法定待遇、改制前所需退休準備不足經費，及改制所需加發慰助金及資遣費等。又為維持國防科研能量不致萎縮流失，本院應自提國防專技前瞻研究專題或生產能量維持計畫預算需求，向監督機關申請，經法定預算程序捐（補）助之。 二、第二項明定政府之核撥及捐（補）助經費，以國防部年度國防預算總額百分之三為原則，但得視本院所提國防專技前瞻研究專題或生產能量維持計畫之核定及執行情形調整。 三、第三項明定國內外公私立機構、團體及個人對本院之捐贈，視同捐贈政府，俾依所得稅法第十七條及第三十六條規定，於申報所得稅時列舉扣除或列為費用，不受金額限制。
一、第一項第一款所定政府之核撥，指國防部對本院軍文職人員薪俸、各項法定待遇、改制前所需退休準備不足經費，及改制所需加發慰助金及資遣費等。又為維持國防科研能量不致萎縮流失，本院應自提國防專技前瞻研究專題或生產能量維持計畫預算需求，向監督機關申請，經法定預算程序捐（補）助之。 二、第二項明定政府之核撥及捐（補）助經費，以國防部年度國防預算總額百分之三為原則，但得視本院所提國防專技前瞻研究專題或生產能量維持計畫之核定及執行情形調整。 三、第三項明定國內外公私立機構、團體及個人對本院之捐贈，視同捐贈政府，俾依所得稅法第十七條及第三十六條規定，於申報所得稅時列舉扣除或列為費用，不受金額限制。
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