特種基金處掌理下列事項： 一、國軍各特種基金收支保管及運用辦法彙辦、訂 (修) 頒與推行事項。二、國軍各特種基金財務管理相關作業規定研訂、彙辦及推行事項。 三、國軍各特種基金會計制度研訂、彙辦、陳報與推行及服務作業會計事務作業規定研訂、彙辦及推行事項。 四、國軍生產及服務作業基金管理委員會與國軍生產及服務作業基金服務作業委員會組織編成綜辦及各項會議召開、資料處理及決議事項之執行管制事項。 五、國軍各特種基金營運計畫審查與服務作業經營政策、營運計畫之策定及督考事項。 六、服務作業營運獎金支給要點之訂定及陳報事項。 七、國軍各特種基金內部控制計畫審查、訂頒、督導及執行事項。 八、國軍各特種基金資金統籌管理、調度之規劃及執行事項。 九、國軍生產及服務作業基金短期投資理財之規劃、管理及執行事項。 十、國軍各特種基金年度附屬單位預、決算編製與會計月、季報各類書表、計畫之審查、彙編及陳報事項。 十一、國軍各特種基金會計作業督導及考核事項。 十二、行政院主計處、審計部對國軍生產及服務作業基金實施業務查核、訪問之協調及綜辦事項。 十三、立法院審議附屬單位預、決算有關國軍各特種基金備詢資料及立委質詢擬答資料之綜辦事項。 十四、國軍生產及服務作業基金服務作業各軍種僱用人員工作規則之彙辦及考核事項。 十五、國軍生產及服務作業基金服務作業所屬單位稅務問題處理之綜辦事項。 十六、國軍生產及服務作業基金服務作業所屬單位之創設、休業與廢止等彙辦及核轉事項。 十七、其他有關特種基金事項。
根據國防部主計局辦事細則第8條，特種基金處負責以下事項： 1. 負責彙編、制定（修訂）和推行國軍各特種基金收支保管及運用辦法。 2. 負責研訂、彙辦和推行國軍各特種基金財務管理相關作業規定。 3. 負責研訂、彙辦、陳報和推行國軍各特種基金會計制度，以及服務作業會計事務作業規定。 4. 組織編成綜辦國軍生產及服務作業基金管理委員會和服務作業委員會，並負責召開會議、處理資料和执行决议事項。 5. 審查國軍各特種基金的營運計畫，以及策定和督考營運政策和計畫。 6. 負責制定和陳報服務作業營運獎金支給要點。 7. 審查、制定、督導和执行國軍各特種基金的內部控制計畫。 8. 負責國軍各特種基金資金統籌管理、調度的规划和执行。 9. 負責規劃、管理和执行國軍生產及服務作業基金的短期投資理財。 10. 負責審查、彙編和陳報國軍各特種基金附屬單位的年度預算和決算，以及審查、彙編和陳報各種帳目表和計畫。 11. 負責督導和考核國軍各特種基金的會計作業。 12. 負責協調並綜辦行政院主計處和審計部對國軍生產及服務作業基金的業務查核和訪問。 13. 負責綜辦立法院審議附屬單位預算和決算的相關資料，以及應對立委質詢的答覆資料。 14. 負責彙辦和考核國軍生產及服務作業基金服務作業各軍種僱用人員工作規則。 15. 負責處理國軍生產及服務作業基金服務作業所屬單位的稅務問題。 16. 負責彙辦和核轉國軍生產及服務作業基金服務作業所屬單位的創設、休業和廢止等事項。 17. 其他有關特種基金的事項。 這些內容取自於國防部主計局辦事細則第8條，並且該條款明確列出了特種基金處的職責範圍。該條款確定特種基金處在國軍各特種基金的管理和運作方面具有廣泛的權限和責任。
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