內部審核人員之權責如左： 一、內部審查人員執行內部審核任務前應詳細研閱本辦法與有關法規、資料，並予靈活運用。 二、主辦主計軍官對不合法之會計程序或文書，應依會計法第九十九條規定辦理。 三、各單位主計人員對不合法之會計憑證，應依會計法第一零二條規定辦理。 四、對受審核單位有關之業務案卷、簿籍、憑證、金錢財物、內部管理及其工作場所，均有審核之權。 五、必要時，對有關資料憑證、財物、金櫃等，可臨時予以封存。 六、得向受審核單位及有關人員提出詢問，或索取相關審核事項之文件與證明。 七、得因事實需要，抽查本次審核有關資料。 八、得檢討受審核單位之工作績效。 九、對於已失效或不合實際需要之法令，得研究建議主管單位修正或廢止。 十、發現受審核單位，對支用經費，有超越權責，不當不實，違反節約規定，或強行消化預算之情形者，得列舉事實，建議權責單位核減其相關預算並查處有關失職人員。 十一、對蒐集與瞭解受審核單位之案件內容，文件資料等，負有保密（管）之責。 十二、屬於機密性業務、其案卷、簿籍、憑證、財物等，由受審核單位事先呈報審核單位主官同意，另行指派人員，或授權該單位主官派員查核者，應免予查核。 前款所稱機密性業務應依據「軍機保密實施規定」第一章第四節機密等級之分類標準辦理。 十三、對發現受審核單位重大業務缺失事項，不負直接糾正責任。 十四、不得代表審核單位，向受審核單位為任何之承諾，且無解除該單位各級人員會計與行政責任之權。 十五、在提呈審核報告前，應將所審事項，先與受審核單位業務主管人員，完成初步協調。 十六、執行審核，除有特殊情形，應在計畫核定時程內及受審核單位作息時間內行之。 十七、內部審核人員執行內部審核事項應依照有關法令辦理，非因違法失職或重大過失，不負損害賠償責任。 十八、對查證屬實之不當、不實案件，應要求各受審核單位之相關人員於原案或查證記錄上簽章證明，受審核單位不得拒簽。
根据国防部暨所属单位内部审核办法第8条的规定，内部审核人员的权责如下： 1. 在执行内部审核任务之前，内部审核人员应详细阅读本办法、相关法规和资料，并进行灵活运用。 2. 主办主计军官应根据会计法第99条的规定处理不合法的会计程序或文书。 3. 各单位主计人员应根据会计法第102条的规定处理不合法的会计凭证。 4. 对受审核单位相关的业务卷宗、簿籍、凭证、金钱财物、内部管理及其工作场所，具有审核权。 5. 必要时，可以临时封存相关资料凭证、财物、金库等。 6. 可以向受审核单位及相关人员提出询问，或索取相关审核事项的文件与证明。 7. 可以根据事实需要，抽查本次审核相关资料。 8. 可以检讨受审核单位的工作绩效。 9. 对于已失效或不符实际需要的法令，可以研究建议主管单位修正或废止。 10. 发现受审核单位在支用经费方面超越权责、不当不实、违反节约规定，或强行消化预算的情况，可以列举事实，建议权责单位核减其相关预算并查处有关失职人员。 11. 对收集与了解受审核单位的案件内容、文件资料等，负有保密责任。 12. 属于机密性业务的案卷、簿籍、凭证、财物等，需要受审核单位事先呈报审核单位主官同意，并另行指派人员，或授权该单位主官派员查核者，应免予查核。机密性业务的设定依据为《军机保密实施规定》第一章第四节机密等级的分类标准进行办理。 13. 对发现受审核单位重大业务缺失事项，不负直接纠正责任。 14. 不得代表审核单位向受审核单位做出任何承诺，并无解除该单位各级人员会计与行政责任的权责。 15. 在提交审核报告之前，应与受审核单位业务主管人员完成初步协调。 16. 执行审核，除有特殊情形，应在计划核定时程内及受审核单位工作时间内进行。 17. 内部审核人员在执行内部审核事项时应依照相关法令办理，非因违法失职或重大过失，不负損害賠償責任。 18. 对确认属实的不当、不实案件，应要求各受审核单位的相关人员在原案或查证记录上签章证明，受审核单位不得拒签。 以上解释参考了国防法制局、国防法政案件处理办法、军機保密实施规定等相关法规。
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