根據所得稅協定查核準則第24條的規定，針對他方締約國的企業在中華民國境內從事國際運輸業務所得的利潤，如果根據所得稅協定的相關規定可以豁免支付稅款，則該企業可以根據所得稅協定的條文提供有關他方締約國稅務機關出具的居住者證明或證明其實際管理處所位於該他方締約國，以及符合所得稅協定減免稅規定的所得相關證明文件，向其所在地的稅捐稽徵機關申請核准減免所得稅。對於這類屬於所得稅法第88條規定的扣繳範圍的所得，當稅捐稽徵機關核准減免時，應通知扣繳義務人免除扣繳義務。 此外，根據同一所得稅協定查核準則第24條的第2項規定，符合所得稅法規定需要辦理結算申報或申報納稅的企業，可以在辦理所得稅結算申報或申報納稅時，提供前述規定所需要的文件，並同時申請適用所得稅協定，由稅捐稽徵機關核定其可以減免稅的所得額。 參考資料：《所得稅協定查核準則（九十八年五月二十七日財稅二字第0980084530號函修正）》
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