總稽核督導辦理內部稽核工作有下列情形之一者，主管機關得視情節之輕重，予以糾正、命其限期改善或命令銀行解除其總稽核職務： 一、有事實證明曾有從事不當放款案件或涉及嚴重違反授信原則或與客戶不當資金往來之行為。 二、濫用職權，有事實證明從事不正當之活動，或假借權力，以圖謀本身或他人之利益，或利用職務上機會，加損害於銀行或他人。 三、未經主管機關同意，對執行職務無關之人員洩漏、交付或公開金融檢查報告全部或其中任一部分內容。 四、銀行因內部管理不善，發生重大舞弊案件，未通報主管機關。 五、對銀行財務及業務有嚴重缺失，未於內部稽核報告揭露。 六、辦理內部稽核工作，出具不實內部稽核報告。 七、銀行因配置之內部稽核人員顯有不足或不適任，未能發現財務及業務有嚴重缺失。 八、未配合主管機關指示事項辦理查核工作或提供相關資料。 九、其他有損害銀行信譽或利益之行為者。
根據銀行內部控制及稽核制度實施辦法第 38 條，如果總稽核督導辦理內部稽核工作出現以下情形之一，主管機關可以採取以下措施： 一、有事實證明曾有從事不當放款案件或涉及嚴重違反授信原則或與客戶不當資金往來之行為。 二、濫用職權，有事實證明從事不正當之活動，或假借權力，以圖謀本身或他人之利益，或利用職務上機會，加損害於銀行或他人。 三、未經主管機關同意，對執行職務無關之人員洩漏、交付或公開金融檢查報告全部或其中任一部分內容。 四、銀行因內部管理不善，發生重大舞弊案件，未通報主管機關。 五、對銀行財務及業務有嚴重缺失，未於內部稽核報告揭露。 六、辦理內部稽核工作，出具不實內部稽核報告。 七、銀行因配置之內部稽核人員顯有不足或不適任，未能發現財務及業務有嚴重缺失。 八、未配合主管機關指示事項辦理查核工作或提供相關資料。 九、其他有損害銀行信譽或利益之行為者。 舉例來說，如果一位總稽核督導在內部稽核工作期間，被發現有貪污行為或涉及與客戶之不當交易，主管機關可以限制其職務改善或解除其總稽核職務。又例如，如果總稽核督導在內部稽核報告中提供虛假資訊，主管機關可以採取相應的處理措施。這些措施的具體操作應根據主管機關的判斷，依情節之輕重進行糾正、限期改善或解除職務。
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