本中心為行政法人；其監督機關為科技部。
國家資通安全科技中心設置條例第2條規定該中心為行政法人，並由科技部擔任監督機關。根據此法規，國家資通安全科技中心是一個依法設立、獨立運作的公法人組織，負責處理國家資通安全相關事務。科技部的角色則是監督該中心的運作，確保其履行其職務和責任。
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