受託人或校長違反第二十條第一項規定者，由各該主管機關處新臺幣五萬元以上二十萬元以下罰鍰；其同時違反公職人員利益衝突迴避法者，優先適用該法處罰。
根據「公立高級中等以下學校委託私人辦理實驗教育條例」第31條的規定，如果受託人或校長違反該法條第20條第1項的規定，即未按照該法條規定的程序進行委託處理實驗教育，則主管機關可以處以新臺幣五萬元以上二十萬元以下的罰鍰。此外，如果同時違反了「公職人員利益衝突迴避法」，則應優先適用該法的處罰。這樣的罰則應該是為了確保公立高級中等以下學校辦理實驗教育時的透明度和正當性。 參考資料： - 公立高級中等以下學校委託私人辦理實驗教育條例。检察官公職人員利益衝突迴避法施行細則。大法官解釋第701號。
本條例施行前已依原法規規定委託辦理之學校，得依原契約約定辦理至期間屆滿為止；期間屆滿後，應依本條例辦理。
立法理由為避免本條例施行前已依原法規辦理委託之學校，於本條例施行後，產生有關本條例適用之爭議，爰明定本條例施行前已依原法規規定委託辦理之學校，得依原契約約定辦理至期間屆滿為止；期間屆滿後，應依本條例辦理。
受託人或校長違反第二十條第一項規定者，由各該主管機關處新臺幣五萬元以上二十萬元以下罰鍰；其同時違反公職人員利益衝突迴避法者，優先適用該法處罰。
立法理由配合本條例公立學校委託私人辦理延伸至高級中等教育階段之修正，並參照高級中等教育法第六條第二項「普通型高級中等學校經……核准設立之主管機關（以下簡稱各該主管機關）核定」之用詞體例，爰將「直轄市、縣（市）主管機關」修正為「核准設立學校之主管機關（以下簡稱各該主管機關）」。
為避免本條例施行前已依原法規辦理委託之學校，於本條例施行後，產生有關本條例適用之爭議，爰明定本條例施行前已依原法規規定委託辦理之學校，得依原契約約定辦理至期間屆滿為止；期間屆滿後，應依本條例辦理。
配合本條例公立學校委託私人辦理延伸至高級中等教育階段之修正，並參照高級中等教育法第六條第二項「普通型高級中等學校經……核准設立之主管機關（以下簡稱各該主管機關）核定」之用詞體例，爰將「直轄市、縣（市）主管機關」修正為「核准設立學校之主管機關（以下簡稱各該主管機關）」。
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