根據水下文化資產保存法第31條，進入水下文化資產保護區的行為必須經由主管機關的許可。在保護區內，除了本法另有規定外，禁止進行打撈水下文化資產、使用爆炸物、進行拖網、下錨、探勘或採集礦物、鋪設電纜、管道、設施或結構、排洩廢（污）水、油、廢棄物或有害物質、開挖、濬深航道及施作海洋工程、潛水以及其他主管機關公告禁止的行為。然而，為維護國防安全或避免緊急危難的必要情況下，可以不受前述限制，但必須立即通報主管機關，除非涉及到軍事機密或國防機密的情況下無需通報。另外，在重大公共利益或學術研究必要性的情況下，可以經由主管機關的許可，不受前述規定的限制。關於水下文化資產保護區的進入和禁止行為的許可申請、條件、期限、審議程序、撤銷、廢止以及其他應遵行事項的辦法，由主管機關來定。
進入水下文化資產保護區者，應經主管機關許可。 水下文化資產保護區內，除本法另有規定外，禁止為下列行為： 一、打撈水下文化資產。 二、使用爆炸物。 三、從事拖網、下錨。 四、探勘或採集礦物。 五、鋪設電纜、管道、設施或結構。 六、排洩廢（污）水、油、廢棄物或有害物質。 七、開挖、濬深航道及施作海洋工程。 八、潛水。 九、其他經主管機關公告禁止之行為。 為維護國防安全或避免緊急危難之必要，得不受前二項規定之限制；行為後應立即通報主管機關，但涉及軍事機密或國防機密者無須通報；為重大公共利益或學術研究之必要，經主管機關許可者，不受前項規定之限制。 水下文化資產保護區進入與禁止行為許可之申請、條件、期限、審議程序、撤銷、廢止及其他應遵行事項之辦法，由主管機關定之。
立法理由一、水下文化資產保護區以現地保存水下文化資產為目的，因此申請進入水下文化資產保護區，應經主管機關之許可，俾利主管機關管理，爰為第一項規定。 二、第二項定明可能影響水下文化資產保護區內部環境而應予禁止之行為。惟為因應國防安全或緊急危難之必要，或為學術研究、重大公共利益之必要，並經主管機關許可者，爰於第三項定明除外規定。 三、第四項定明水下文化資產保護區進入等應遵行事項之辦法授權由主管機關定之。
一、水下文化資產保護區以現地保存水下文化資產為目的，因此申請進入水下文化資產保護區，應經主管機關之許可，俾利主管機關管理，爰為第一項規定。 二、第二項定明可能影響水下文化資產保護區內部環境而應予禁止之行為。惟為因應國防安全或緊急危難之必要，或為學術研究、重大公共利益之必要，並經主管機關許可者，爰於第三項定明除外規定。 三、第四項定明水下文化資產保護區進入等應遵行事項之辦法授權由主管機關定之。
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