會計室設三科辦事，其掌理事項如下： 一、第一科：單位概算、預算、分配預算之編製及預備金之動支，本室年度計劃、預算之編擬運用，本局及所屬分局會計人員之編制、任免、遷調、考核、訓練等之擬議事項，各分局辦理前述有關業務督導考核事項。 二、第二科：預算之執行控制，經費開支之內部審核，財務上增進效能及減少不經濟支出之建議，會計簿籍之記載，會計報告之編製，付款憑單傳票之繕製，原始憑證之保管及送審，各分局辦理前述有關業務督導考核事項。 三、第三科：本局業務統計方案，圖表之規劃設計及擬辦，本局業務統計資料之蒐集、研究、整理及分析，統計圖表、報告、書刊之彙編、審核、印行、供應、交換及發布等，各分局辦理前述有關業務督導考核事項。
根據經濟部標準檢驗局辦事細則第 15 條，會計室設有三個科，每個科負責不同的事項： 第一科負責處理以下事項：單位的概算、預算以及分配預算的編製和預備金的動支。會計室年度計劃和預算的編制與運用。本局及其所屬分局的會計人員編制、任免、遷調、考核和訓練等事項的擬議。各分局辦理有關業務督導和考核的事項。 第二科負責處理以下事項：預算的執行控制，內部審核經費開支，提出增進財務效能和減少不經濟支出的建議。負責會計簿籍的記錄，會計報告的編製，付款憑單傳票的繕製，原始憑證的保管和送審。各分局辦理有關業務督導和考核的事項。 第三科負責處理以下事項：制定本局業務統計方案，規劃設計圖表並進行相關工作。負責收集、研究、整理和分析本局業務統計資料。彙編、審核、印行、供應、交換和發布統計圖表、報告、書刊等資料。各分局辦理有關業務督導和考核的事項。 以上資料參考了經濟部標準檢驗局官方網站，可在該網站上找到相關的組織結構與職掌說明。
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