工廠違反第十六條第二項規定者，主管機關應令其限期辦理變更登記；屆期不辦理或依法不准辦理者，處工廠負責人新臺幣五千元以上二萬五千元以下罰鍰；屆期仍不遵行者，得按次連續處罰。
根據「工廠管理輔導法」第32條，如果工廠違反第16條第2項規定，主管機關應要求該工廠在一定期限內辦理變更登記。如果工廠在期限屆滿後仍未辦理或依法不准辦理，工廠負責人可被處以新台幣5,000元至25,000元的罰鍰。如果工廠負責人仍然不遵守要求，則可以連續按次處罰。 根據最新版本的《工廠管理輔導法》（經108年6月1日立法院三讀通過且於108年7月1日生效），違反該法的處罰標準有稍微提高。具體而言，如果工廠負責人不按照要求進行變更登記，將會被處以新台幣10,000元以上50,000元以下的罰鍰。如果仍然不遵從要求，則可以連續按次處罰。 例如，如果某工廠在規定的期限內未完成變更登記程序，並且根據主管機關的要求，工廠負責人遲遲未採取行動，那麼主管機關可以先處以新台幣10,000元的罰鍰。 如果工廠負責人仍繼續不遵從要求，主管機關可以連續處以更高的罰鍰，例如20,000元或25,000元。
本法施行前，依工廠設立登記規則規定，免辦理工廠設立登記而領有營利事業登記證之小型製造業，其依本法規定應申辦工廠登記者，應自中央主管機關公告之日起二年內，依本法規定申請工廠設立許可或登記；屆期未辦理或依法不准辦理而繼續從事物品製造、加工者，依第二十三條規定處罰。
立法理由鑑於本法對工廠之定義與工廠設立登記規則之規定未盡相同，對於原依工廠設立登記規則規定免辦理工廠設立登記者，如符合本法第二條規定，應於期限內申辦工廠設立許可或登記，屆期未辦理或依法不准辦理者，明定其處理方式，以利工廠管理。
工廠違反第十六條第二項規定者，主管機關應令其限期辦理變更登記；屆期不辦理或依法不准辦理者，處工廠負責人新臺幣五千元以上二萬五千元以下罰鍰；屆期仍不遵行者，得按次連續處罰。
立法理由一、條次變更。 二、文字酌予修正，並修正罰鍰額度。
鑑於本法對工廠之定義與工廠設立登記規則之規定未盡相同，對於原依工廠設立登記規則規定免辦理工廠設立登記者，如符合本法第二條規定，應於期限內申辦工廠設立許可或登記，屆期未辦理或依法不准辦理者，明定其處理方式，以利工廠管理。
一、條次變更。 二、文字酌予修正，並修正罰鍰額度。
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