公民營事業依本條例第四十五條第二項規定收取設施使用費，其費率及計算方式，由公民營事業依據投資興建協議書所列計算原則擬訂，經中央工業主管機關報請經濟部會商交通部核定。調整時，亦同。
根據工業專用港及工業專用碼頭經營管理辦法第18條，公民營事業在依該條例第45條第2項的規定收取設施使用費時，其費率及計算方式由公民營事業根據投資興建協議書所列的計算原則擬訂，經中央工業主管機關報請經濟部會商交通部核定。調整時，也需要同樣的程序。這條規定明確了公民營事業收取設施使用費的相關規定，並強調其計算方式和費率需要經過相關主管機關的核定。以下是根據相關參考資料舉出的一個例子： 範例：一家公民營事業負責經營某工業專用碼頭，根據投資興建協議書，該碼頭的設施使用費應根據每吨貨物的計費噸量來計算。該碼頭經營管理辦法第18條明確規定了費率和計算方式需要經過中央工業主管機關核定，並經經濟部會商交通部最終核定。因此，該公民營事業在制定碼頭使用費的費率和計算方式時，必須遵循相關的計算原則和核定程序。
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