經濟部依前條核准由公民營事業投資興建及經營管理工業專用港，應訂定經營期限，並得向其收取權利金。 前項權利金之收取相關事項，應於投資興建協議書中明定，並解繳經濟部工業區開發管理基金。
根據促進產業升級條例第41條，經濟部可以核准公民營事業投資興建和經營管理工業專用港。在這種情況下，經濟部可以訂定經營期限並收取權利金。權利金的收取事項應在投資興建協議書中明確規定，並將權利金交給經濟部工業區開發管理基金。 根據經濟部《工業區開發實施辦法》，在申請設立工業專用港時，公民營事業應根據「營運期限、營運範圍、權利義務」等內容訂定投資興建協議書。該協議書應由公民營事業提交經濟部進行審核，並在審核通過後為設立工業專用港的依據。 一個具體的範例可以是，某公司申請設立工業專用港，經濟部核准後，双方訂定了投資興建協議書，其中明確規定了營運期限為十年，並同意支付每年一定數額的權利金。該公司根據協議將權利金交給經濟部工業區開發管理基金，作為該工業專用港的營運費用。
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