經依本條例第九條第一項規定擇定適用免徵營利事業所得稅之公司，應於其投資計畫完成之次日起一年內，檢齊下列文件，向財政部申請五年免徵營利事業所得稅： 一、符合新興重要策略性產業之核准函影本。 二、符合新興重要策略性產業投資計畫之完成證明及全新設備清單影本。三、中央目的事業主管機關就選擇適用免徵營利事業所得稅備查函影本。但屬全數以未分配盈餘轉增資擴充者免附。
根據促進產業升級條例施行細則第19條的規定，一旦公司符合促進產業升級條例第九條第一項的規定，選擇適用免徵營利事業所得稅，該公司在投資計畫完成的次日起一年內，需要向財政部申請五年免徵營利事業所得稅。申請時，需要提交以下文件：1）新興重要策略性產業的核准函影本、2）新興重要策略性產業投資計畫的完成證明和全新設備清單影本，以及3）中央目的事業主管機關對選擇適用免徵營利事業所得稅的備查函影本。需要注意的是，如果公司是透過未分配盈餘轉增資擴充，就免除提交第三項文件的要求。 參考資料：促進產業升級條例施行細則第19條
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