公司依本條例第九條第三項選定延遲開始免稅之期間，應於其投資計畫完成之日起二年內，依下列規定向財政部申請核定，逾期不予受理，經核定後，不得再行變更： 一、與申請適用免徵營利事業所得稅同時申請者，於同一申請書內敘明自行選定開始免稅之期間及其會計年度起訖日期。 二、於核准免徵營利事業所得稅後始行申請者，應另備申請書，敘明自行選定開始免稅之期間及其會計年度起訖日期。
根據促進產業升級條例施行細則第21條，公司如果根據該條例第九條第三項選擇延遲開始免稅的期間，必須在投資計畫完成後的兩年內向財政部提出申請核定。逾期未提出申請將不予受理，經核定後不得再進行變更。如果公司與申請適用免徵營利事業所得稅同時申請延遲開始免稅，應在同一申請書中明確選擇開始免稅的期間及其會計年度的起迄日期。如果是在核准免徵營利事業所得稅後才提出延遲開始免稅的申請，則應另外準備申請書，明確選擇開始免稅的期間及其會計年度的起迄日期。 範例：公司A根據促進產業升級條例申請延遲開始免稅，該公司的投資計畫於2021年12月完成。根據第21條規定，公司A必須在2021年12月之後的兩年內向財政部申請核定延遲開始免稅的期間。公司A於2022年4月提出申請，核定後的免稅期間為從2023年1月1日起至2027年12月31日止。根據法規，公司A在此期間內可以免徵營利事業所得稅。如果公司A想要更改免稅期間，則需要重新向財政部提出申請並經核定後方可生效。
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