本水庫各灌區公私埤圳灌溉土地之用水，均由各該地區設立之農田水利會(以下簡稱水利會) 向經濟部水利處北區水資源局 (以下簡稱北水局) 提出灌溉配水申請。 前項配水申請，石門大圳灌區由石門水利會辦理。桃園大圳灌區、光復圳灌區及下游灌區由桃園水利會辦理。石門、桃園兩大圳進水口及下游灌區放水閘門之操作維護事宜，由北水局負責辦理，水利會得派員駐守或流動觀察之。
從上述資料可以得知，台灣省石門水庫多目標運用規則第5條說明了灌區的灌溉配水申請程序以及相關負責單位。根據該條規定，各灌區的灌溉土地用水由當地的農田水利會向北區水資源局提出灌溉配水申請，其中石門大圳灌區由石門水利會辦理，桃園大圳灌區、光復圳灌區及下游灌區由桃園水利會辦理。而石門、桃園兩大圳進水口及下游灌區放水閘門之操作維護事宜由北水局負責辦理，水利會得派員駐守或流動觀察。 針對以上法條內容，以及經濟部委託逢甲大學開發的水庫保育環境敏感區及特定目的區位系統查詢，可以得出以下解釋。在灌區範圍內，需要關於灌溉土地用水的配水申請，由當地的水利會向北區水資源局提出申請。具體到石門大圳灌區由石門水利會辦理，桃園大圳灌區、光復圳灌區及下游灌區由桃園水利會辦理。此外，水利會可以派員駐守或流動觀察石門、桃園兩大圳進水口及下游灌區放水閘門之操作維護事宜。根據這些規定，石門水庫多目標運用規則也明確了相關部門的責任和程序，以確保灌區土地的合理用水和管理。
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