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違反第五條第一項規定擅自建廠者，處新臺幣一百萬元以上五百萬元以下罰鍰，並勒令停工、補辦手續；必要時，得限期令其拆除設施。 依前項規定勒令停工後，擅自復工，或屆期未拆除設施者，處新臺幣二百萬元以上一千萬元以下罰鍰，並強制其拆除設施。 依前項規定強制拆除後，擅自復工經制止不從者，處三年以下有期徒刑或拘役，得併科新臺幣三百萬元以下罰金。
立法理由為加強核子反應器設施興建之管制，分三階段逐級加重處罰。擅自建廠者，處罰鍰並勒令停工；違反勒令停工命令擅自復工或未依限拆除設施者，提高罰鍰額度並強制其拆除設施；強制拆除後，擅自復工經制止不從者，實屬惡性重大，爰規定處以刑罰。
為加強核子反應器設施興建之管制，分三階段逐級加重處罰。擅自建廠者，處罰鍰並勒令停工；違反勒令停工命令擅自復工或未依限拆除設施者，提高罰鍰額度並強制其拆除設施；強制拆除後，擅自復工經制止不從者，實屬惡性重大，爰規定處以刑罰。
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