防疫組分設三科，各科掌理事項如下： 一、第一科 (腸道傳染病防治科) ：辦理有關霍亂、傷寒、副傷寒、桿菌性痢疾、阿米巴性痢疾之下列事項： (一) 疫情監測資料分析與疫情研判事項。 (二) 防治政策之規劃與督導推動事項。 (三) 個案調查及突發流行事件調查之追蹤檢討事項。 (四) 衛教宣導政策企劃與督導推動事項。 (五) 疫情防治相關研究發展規劃事項。 (六) 天然災害之消毒防疫規劃事項。 (七) 防疫消毒藥品採購發放及管理儲備事項。 (八) 其他臨時交辦事項。 二、第二科 (病媒傳染病防治科) ：辦理有關登革熱、瘧疾、恙蟲病、斑疹傷寒、鼠疫、貓抓病、類鼻疽、Ｑ熱、鉤端螺旋體病、萊姆病之下列事項： (一) 疫情監測資料分析與疫情研判事項。 (二) 防治政策之規劃與督導推動事項。 (三) 個案調查及突發流行事件調查之追蹤檢討事項。 (四) 衛教宣導政策企劃與督導推動事項。 (五) 疫情防治相關研究發展規劃事項。 (六) 關於建立病媒性疾病防治動員之標準作業指引及規劃演習事項。 (七) 其他臨時交辦事項。 三、第三科 (呼吸道傳染病防治科) ：辦理有關腸病毒、猩紅熱、退伍軍人症等傳染病之下列事項： (一) 疫情監測資料分析與疫情研判事項。 (二) 防治政策之規劃與督導推動事項。 (三) 個案調查及突發流行事件調查之追蹤檢討事項。 (四) 衛教宣導政策企劃與督導推動事項。 (五) 疫情防治相關研究發展規劃事項。 (六) 關於署務會議及主管會報之提報及指示事項之追蹤管考。 (七) 跨科綜合性業務彙整、人員訓練及召募事項、科技發展、會計管考及預算編列之彙整事項。 (八) 其他臨時交辦事項。
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