興建營運公司應於垃圾焚化廠取得操作許可證，據以函請主辦機關層報本部同意備查後，正式營運受託處理垃圾。
根據鼓勵公民營機構興建營運垃圾焚化廠作業辦法第27條，營運垃圾焚化廠的公司在興建和運營期間，應依公民營廢棄物清除處理機構許可管理辦法及相關規定申請證照或許可，主辦機關也應協助辦理。這表示營運公司必須遵守相關法規並取得許可文件，主辦機關則有責任協助處理申請程序。 舉例來說，如果一家公司打算興建和營運垃圾焚化廠，就必須依法申請相關許可，並遵守許可管理辦法的規定。主辦機關也應該在程序上協助辦理申請，確保所有過程合乎法律規定。
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