本局歲出入預算由會計室依據政府有關法令規定及年度施政計畫與局長、副局長指示並召開預算會議後編製之；決算依據有關法令規定及施政計畫實施成果依年度收支累計編製之。
經濟部水資源局辦事細則 第五章 財務管理
§ 37–41共 5 條
（刪除）
款項收支由會計室審核憑證編製傳票，呈經局長核定，送秘書室收支後再送還會計室登帳。
員工薪津由秘書室依據員工異動通知單編造清冊送人事室，會計室核對，呈經局長核定後，須即照冊發給。
每月收支款項，依現行會計制度規定由會計室編製會計報告陳報相關機關。
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