根據自由貿易港區設置管理條例第13條，申請經營自由港區事業需要向自由港區管理機關提供營運計畫書、貨物控管、貨物通關及帳務處理作業說明書等相關文件，進行入區籌設及營運許可的申請。該條規定了申請所需之資格、申請程序、檢附文件、營運控管作業、帳務處理、許可撤銷和廢止等事項的辦法，由主管機關制定。在實際操作中，申請者必須提供相應的文件和設置運營計劃，以獲得自由港區事業的許可。可以根據主管機關的規定確定申請所需的具體程序和文件。
自由港區內下列事項，由各該目的事業主管機關設立分支單位或指派專人，配合自由港區管理機關之運作辦理： 一、稅捐稽徵。 二、海關業務。 三、檢疫及檢驗業務。 四、警察業務。 五、金融業務。 六、電力、給水及其他有關公用事業之業務。 七、郵電業務。 八、其他公務機關業務。
立法理由一、本條明定自由港區所需其他行政配置之項目，應由各該機關設立分支單位或指派專人辦理。 二、自由港區管理機關為一般營運管理之單一窗口，如有涉及其他行政機關權限之行使或主管業務項目，應由各該目的事業主管機關於自由港區設立分支單位或指派專人以聯合服務之方式辦理。又為促進自由港區行政業務效率，各該目的事業主管機關設立之分支單位或指派之專人，應配合自由港區管理機關之運作，辦理其行政或業務項目。
申請經營自由港區事業，應提具營運計畫書、貨物控管、貨物通關及帳務處理作業說明書，連同相關文件，向自由港區管理機關申請入區籌設及營運許可。 前項事業申請入區籌設及營運許可應具備之資格、營運組織型態、申請程序、檢附之文件、各項營運控管作業、帳務處理、許可之撤銷、廢止及其他應遵行事項之辦法，由主管機關定之。
立法理由一、條次變更，本條為原條文第十四條移列。 二、第二項修正理由如下： （一）綜合考量本條例之法制規範、自由港區業者申請入區籌設與實際從事營運之組織型態，自由港區事業可區分為申請加入自由港區事業之「申請籌設主體」及實際進駐自由港區從事相關業務之「營運主體」兩種型態。 （二）為使自由港區業者申請入區籌設與實際從事「營運組織型態」有所規範，爰增訂有關「營運組織型態」規定，以符企業多元之營運型態，並鼓勵廠商進駐自由港區營運。
一、本條明定自由港區所需其他行政配置之項目，應由各該機關設立分支單位或指派專人辦理。 二、自由港區管理機關為一般營運管理之單一窗口，如有涉及其他行政機關權限之行使或主管業務項目，應由各該目的事業主管機關於自由港區設立分支單位或指派專人以聯合服務之方式辦理。又為促進自由港區行政業務效率，各該目的事業主管機關設立之分支單位或指派之專人，應配合自由港區管理機關之運作，辦理其行政或業務項目。
一、條次變更，本條為原條文第十四條移列。 二、第二項修正理由如下： （一）綜合考量本條例之法制規範、自由港區業者申請入區籌設與實際從事營運之組織型態，自由港區事業可區分為申請加入自由港區事業之「申請籌設主體」及實際進駐自由港區從事相關業務之「營運主體」兩種型態。 （二）為使自由港區業者申請入區籌設與實際從事「營運組織型態」有所規範，爰增訂有關「營運組織型態」規定，以符企業多元之營運型態，並鼓勵廠商進駐自由港區營運。
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