根據自由貿易港區設置管理條例第24條的規定： 1. 自由港區事業將來自課稅區的貨物及自用機器、設備運入自由港區作營運時，可以視為出口，申請減徵、免徵或退還關稅、貨物稅、菸酒稅及菸品健康福利捐。這些申請的具體規定可以參考相關的法令。 範例：一家台灣的製造公司將產品運入自由港區進行生產加工，然後再輸出到國外銷售。在此過程中，該公司可以申請減免關稅和其他稅費。 2. 自由港區事業將來自課稅區的已經徵收過稅的進口貨物或國內生產的非保稅貨物運入自由港區，並在次日起五年內再運回課稅區時，可以免徵關稅。但若該貨物在自由港區期間有添加未稅或保稅貨物，則該添加部分需要課徵關稅及相關稅費。 範例：一家進口商將已經在台灣進口並繳納過稅的貨物運入自由港區進行倉儲和再分配。在五年內，如果該公司將這些貨物再運回台灣，則不需要再次繳納關稅。但如果在自由港區期間將其他未稅或保稅貨物加入到這些已經繳稅的貨物中，則那部分需要繳納相應的關稅。 3. 已經獲得減徵、免徵或退稅的貨物及自用機器、設備，在再運回課稅區時，仍需依照原先享受的減徵、免徵或退稅稅額予以補繳。 範例：一家進口商在將貨物運入自由港區時獲得了關稅減免。在將這些貨物再運回課稅區時，該公司需要根據原先享受的關稅減免稅額進行補繳。 4. 在申請經營自由港區事業並獲得籌設許可的期間內，將自用機器、設備運入自由港區的情況，適用前述項目的規定。 範例：一家企業正在籌建一個自由港區事業，申請經營許可。在籌建期間，該企業將一些自用機器、設備運入自由港區。在這種情況下，這些自用機器、設備可以按照前述的規定進行關稅的減免、免徵或退稅。 以上解釋參考自《自由貿易港區設置管理條例》第24條及相關資料。
自由港區內之免稅貨物，依前條規定運往課稅區委託加工者，以非屬管制或限制貨品為限。 前項受託課稅區廠商加工所添加之原料，不得申請退稅。
立法理由照黨團協商條文通過。
自由港區事業自課稅區運入供營運之貨物及自用機器、設備，視同出口，得依相關法令規定，申請減徵、免徵或退還關稅、貨物稅、菸酒稅及菸品健康福利捐。 自由港區事業自課稅區運入之已稅進口貨物或國產非保稅貨物，自運入之次日起五年內，原貨復運回課稅區時，免徵關稅；其有添加未稅或保稅貨物者，該添加之未稅或保稅貨物，應課徵關稅及相關稅費。 前二項貨物及自用機器、設備已減徵、免徵或退稅者，於再運回課稅區時，應仍按原減徵、免徵或退稅稅額補徵。
立法理由一、本條新增。 二、自由港區為「境內關外」之區域，自由港區之貨物與國內課稅區之流通，已跨越海關課稅之界線，爰訂定第一項。 三、自由港區事業自課稅區運入之已稅進口貨物或國產非保稅貨物，既屬已課稅之貨物，如以原貨復運回課稅區，課徵關稅將造成重複課徵之情形，故自運入之次日起五年內，又輸往課稅區者，應予免徵關稅。惟倘該等貨物於自由港區添加未稅或保稅物品，則應就添加部分課徵關稅及相關稅費，以維租稅公平原則，爰於第二項明定之。 四、第三項規定前二項貨物及自用機器、設備已減徵、免徵或退稅者，於再運回課稅區時，自不得再享有上開租稅優惠，仍應予以補徵，以符租稅公平原則。
自由港區事業自課稅區運入供營運之貨物及自用機器、設備，視同出口，得依相關法令規定，申請減徵、免徵或退還關稅、貨物稅、菸酒稅及菸品健康福利捐。 自由港區事業自課稅區運入之已稅進口貨物或國產非保稅貨物，自運入之次日起五年內，原貨復運回課稅區時，免徵關稅；其有添加未稅或保稅貨物者，該添加之未稅或保稅貨物，應課徵關稅及相關稅費。 前二項貨物及自用機器、設備已減徵、免徵或退稅者，於再運回課稅區時，應仍按原減徵、免徵或退稅稅額補徵。 申請經營自由港區事業取得籌設許可者，於籌設期間自課稅區運入自用機器、設備適用第一項及前項規定。
立法理由一、原條文移列為本條第一項至第三項。 二、自由貿易港區屬「境內關外」，申請經營自由港區事業取得籌設許可者，於籌設期間需進行營運籌設工作，興建營運廠房，安裝自用機器、設備，參考原立法意旨及多年來實務運作需求，爰增訂第四項定明該等事業於籌設階段適用第一項及第三項運入自用機器、設備之規定，以玆明確。若未完成籌設，則依第三十一條規定，須補徵相關稅費。
照黨團協商條文通過。
一、本條新增。 二、自由港區為「境內關外」之區域，自由港區之貨物與國內課稅區之流通，已跨越海關課稅之界線，爰訂定第一項。 三、自由港區事業自課稅區運入之已稅進口貨物或國產非保稅貨物，既屬已課稅之貨物，如以原貨復運回課稅區，課徵關稅將造成重複課徵之情形，故自運入之次日起五年內，又輸往課稅區者，應予免徵關稅。惟倘該等貨物於自由港區添加未稅或保稅物品，則應就添加部分課徵關稅及相關稅費，以維租稅公平原則，爰於第二項明定之。 四、第三項規定前二項貨物及自用機器、設備已減徵、免徵或退稅者，於再運回課稅區時，自不得再享有上開租稅優惠，仍應予以補徵，以符租稅公平原則。
一、原條文移列為本條第一項至第三項。 二、自由貿易港區屬「境內關外」，申請經營自由港區事業取得籌設許可者，於籌設期間需進行營運籌設工作，興建營運廠房，安裝自用機器、設備，參考原立法意旨及多年來實務運作需求，爰增訂第四項定明該等事業於籌設階段適用第一項及第三項運入自用機器、設備之規定，以玆明確。若未完成籌設，則依第三十一條規定，須補徵相關稅費。
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