本會設研究發展處、綜合計畫處、管制考核處、資訊管理處、政府出版品管理處、地方發展處、秘書室、人事室、會計室及政風室。 各處、室得視業務之需要，分科辦事，必要時得調整之。
依照行政院研究發展考核委員會辦事細則第4條規定，該會設有研究發展處、綜合計畫處、管制考核處、資訊管理處、政府出版品管理處、地方發展處、秘書室、人事室、會計室及政風室。並且根據業務的需要，各處、室可以分科辦事，必要時可以進行調整。
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