綜合計畫處分設三科，各科掌理事項如下： 一、第一科： (一) 關於行政院年度施政方針之研議事項。 (二) 關於行政院所屬各機關組織職掌之審查事項。 (三) 關於行政院及所屬各機關組織結構及功能之研析事項。 (四) 關於行政院交辦專案之審議事項。 (五) 關於本處綜合業務及不屬其他各科業務事項。 二、第二科： (一) 關於行政院年度施政計畫之審議及編製事項。 (二) 關於行政院所屬各機關重要社會發展計畫先期作業之審查事項。 (三) 關於年度施政計畫相關法令之研訂事項。 (四) 關於本會年度施政計畫之審查事項。 (五) 關於行政院交辦專案之審議事項。 三、第三科： (一) 關於行政院中、長程計畫之審議及編製事項。 (二) 關於行政院所屬各機關中程施政計畫之審議及編製事項。 (三) 關於中、長程計畫相關法令之研訂事項。 (四) 關於重大社會發展問題之趨勢與政策分析事項。 (五) 關於行政院交辦專案之審議事項。
根據行政院研究發展考核委員會辦事細則第6條的規定，綜合計畫處分為三個科，各科所掌理的事項如下： 第一科負責以下事項： 1.討論行政院年度施政方針的議題。 2.審查行政院所屬各機關的組織職掌。 3.研析行政院及所屬各機關的組織結構及功能。 4.審議行政院交辦的專案。 5.負責本處的綜合業務以及其他未由其他科負責的業務。 第二科負責以下事項： 1.審議和編製行政院年度施政計畫。 2.審查行政院所屬各機關重要社會發展計畫的先期作業。 3.研訂年度施政計畫相關的法令。 4.審查本會的年度施政計畫。 5.審議行政院交辦的專案。 第三科負責以下事項： 1.審議和編製行政院的中、長程計畫。 2.審議和編製行政院所屬各機關的中程施政計畫。 3.研訂中、長程計畫相關的法令。 4.分析重大社會發展問題的趨勢和政策。 5.審議行政院交辦的專案。 以上分析根據行政院研究發展考核委員會辦事細則第6條的內容。
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