本法第六條第二項關於目的事業主管機關對各類商業團體之指導、監督，應各就其主管業務會同或副知各該團體主管機關為之。
商業團體法施行細則第 3 條規定了目的事業主管機關對各類商業團體的指導和監督職責。根據這條規定，主管機關應該根據其主管業務與各個商業團體的主管機關進行協作或合作來執行這些職責。具體來說，目的事業主管機關應該與各商業團體的主管機關合作來指導和監督商業團體的業務。 目的事業主管機關是指根據特定法律或規定負責監督和指導特定類型商業團體的政府機構。商業團體的主管機關則是負責執行商業團體相關事務的政府機構。根據商業團體法的規定，這兩個機關應該共同合作來監督和指導商業團體的運作。 例如，根據《企業團體法施行細則》，目的事業主管機關——例如經濟部、交通部等，與商業團體的主管機關——例如商業司、公共事務主管機關等，將共同合作來監督商業團體的業務運作，並提供相關指導。
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