土地所有權人申請發給抵價地之原有土地上訂有耕地三七五租約或設定地上權、不動產役權、永佃權或農育權者，除依前條第一款或第二款辦理外，並得請求主管機關邀集承租人或他項權利人協調；其經協調合於下列情形者，得由主管機關就其應領之補償地價辦理代扣清償及註銷租約或塗銷他項權利，並由土地所有權人就其賸餘應領補償地價申領抵價地： 一、補償金額或權利價值經雙方確定，並同意由主管機關代為扣繳清償。 二、承租人或他項權利人同意註銷租約或塗銷他項權利。
根據該法規，當土地所有權人申請發給抵價地時，若原土地上訂有耕地三七五租約或設定地上權、不動產役權、永佃權或農育權，土地所有權人可以請求主管機關邀集承租人或其他權利人進行協調。當協調符合以下情形時，主管機關可以代扣清償和註銷租約或其他權利，並由土地所有權人申領抵價地： 1. 雙方確定補償金額或權利價值，同意主管機關代為扣繳清償。 2. 承租人或其他權利人同意註銷租約或塗銷其他權利。 根據「平均地權條例施行細則」第 32 條第 1 項規定，「自耕地之承租人對土地所有權人請求平均地權法之補償，依平均地權條例實施區段徵收者，由主管機關辦理時，得由主管機關代為扣交耕地所有權人，該支付之規則，有別於平均地權條例裡平均地權法第 11 條之規定」。這表示根據該法規，主管機關在辦理補償時可以代為扣交給耕地所有權人。 舉例而言，假設某土地所有權人申請辦理土地徵收並申領抵價地，而原土地上存在一份耕地三七五租約，該土地所有權人可以請求主管機關邀集該土地的承租人進行協調。若協調成功且雙方確定補償金額，同意由主管機關代為扣繳清償，主管機關可以代扣清償並註銷該土地的租約。接著，土地所有權人可以根據他們的賸餘應領補償地價申領抵價地。 以上解釋參考來自「平均地權法施行細則」第 45 條本身以及根據最高行政法院 99 年度訴字第 11 號判決中的解釋，能針對這一法條進行釋義。
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