各級政府徵收工程受益費以船舶為徵收標的者，其主辦機關規定如左： 一、中央由經濟部或交通部辦理。 二、直轄市由建設或交通主管機關辦理。 三、縣（市）由縣（市）政府辦理。
根據工程受益費徵收條例施行細則第74條，各級政府徵收以船舶為徵收標的的工程受益費時，主辦機關的規定如下： 一、中央政府的船舶工程受益費由經濟部或交通部負責辦理。 二、直轄市政府的船舶工程受益費由建設或交通主管機關負責辦理。 三、縣（市）政府的船舶工程受益費由該縣（市）政府負責辦理。 這表示不同層級的政府在徵收船舶工程受益費時，由相應的主管機關負責辦理。具體的負責機關分別是中央政府的經濟部或交通部、直轄市政府的建設或交通主管機關，以及縣（市）政府。這些機關將負責確定工程受益費的計算、徵收等相關工作。
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