內部審核人員發現受審核單位處理事務與財務過程中，有重大違法事件及虛偽不實行為時，應依左列規定處理： 一、澈查有關證據蒐集相關資料，詳予紀錄，並填具內部審核查證紀錄表一式二份 (格式如附件四) ，由受審核單位簽字具結，一份交受審核單位存查，一份併簽案呈核。 二、視案情性質，得會同該單位主官 (管) 政戰 (監察) 人員封存資料案卷，監視事證及涉嫌人員。 三、迅速報告內部審核機構主管指示處理。
國防部暨所屬單位內部審核辦法第15條規定了內部審核人員在發現重大違法事件和虛偽不實行為時應該如何處理。根據該條規定，內部審核人員應該進行澈查並蒐集相關證據和資料，並填寫內部審核查證紀錄表，該表格需要受審核單位簽字具結一份存查，並併簽案呈核，另一份提交內部審核機構主管指示處理。根據案情性質，內部審核人員還可以與該單位主管、政戰人員或監察人員合作，封存資料案卷並監視事證和涉嫌人員。最後，內部審核人員應當迅速報告內部審核機構的主管，按照其指示進行處理。
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