對內部審核事項檢討處理表中所列問題，雙方如有不同意見者，應協調受審核單位澄清或依左列規定，擇期舉行會議，俾獲取一致之看法: 一、會議由受審核單位主官 (管) 或職務代理人主持。 二、會議中先由內部審核人員報告問題性質與處理意見，再由受審核單位說明事件形成原因與所採措施，使對問題之看法與作法趨於一致，能獲有效改進。 三、內部審核人員，在會議中所提改進意見，如事屬正確，而未獲得協議時，應簽報主官核定，必要時得協調受審核單位之上級指揮單位處理之。 四、會議協商事項，應由受審核單位作成紀錄，並於一週內，分送審核及有關單位存卷，作為內部審核簽報處理之資料。
根據國防部暨所屬單位內部審核辦法第18條的規定，在處理內部審核事項檢討時，若雙方有不同意見，應遵循以下規定協調，以達成一致看法： 1. 會議由受審核單位的主官或職務代理人主持。 2. 會議中，內部審核人員先報告問題的性質和處理意見，接著由受審核單位說明造成該事件的原因以及所採取的措施，以使對問題的看法和處理方法達成一致，並能有效改進。 3. 若內部審核人員在會議中提出的改進意見被認為是正確的，但未能達成協議，則應經由主官核定後簽報，必要時可協調受審核單位的上級指揮單位處理。 4. 會議討論的事項應由受審核單位製作紀錄，並於一週內分送給審核及相關單位存檔，作為內部審核簽報處理的資料。 這些規定的目的是為了協調內部審核事項檢討的不同意見，確保在會議中能就問題達成一致看法，並適當地改進相關作法。審核單位要記錄會議討論的結果並提供相關單位存檔，以作為處理內部審核事項的參考依據。
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