菸草種植人違反第二十八條每公頃繳菸數量低於基準產量者，應依左列各款規定處理之： 一、繳菸數量低於基準產量在百分之十以內者，登記其減繳之數量，於下年期基準產量外增補之。 二、繳菸數量低於基準產量百分之十以外部分，下半年不予補繳。 三、當年期菸草管理機構轄區，單一輔導站平均每公頃繳菸數量低於基準產量百分之十以上，如係因天然災害或病害罹病率達普遍範圍，且未經救濟或救助者，其處理方式由公賣局專案報請上級機關核准後辦理。 前項第三款病害罹病率達普遍範圍之標準，由公賣局定之。
菸草種植管理辦法第67條規定了菸草種植人如果違反第28條的規定，每公頃繳納的菸數量低於基準產量，則應根據以下規定進行處理： 一、如果繳菸數量低於基準產量在百分之十以內，則在下一年的期基準產量之外增加補繳數量。 二、如果繳菸數量低於基準產量的百分之十以上部分，下半年不予補繳。 三、如果當年期菸草管理機構轄區內的單一輔導站的平均每公頃繳菸數量低於基準產量的百分之十以上，且這種情況是因為天然災害或病害導致，且未經救濟或救助，則需要由公賣局專案報請上級機關核准後進行處理。 根據前述第三款，病害罹病率達到普遍範圍的標準，由公賣局來定。根據資料顯示，公賣局對於病害罹病率達到普遍範圍的標準，會根據相關疾病的流行情況等因素來進行界定。例如，根據公賣局的統計資料，在某一年度菸草種植管理區域內，如果單一輔導站的平均每公頃繳菸數量低於基準產量的百分之十以上，且這是因為當年度該區域普遍存在某種病害，且農民沒有得到相應的救助或救濟措施，那麼公賣局就可以報請上級機關核准採取相應的處理方式。
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