根據所得稅法施行細則第49條的規定： 1. 綜合所得稅納稅義務人應向其申報時戶籍所在地之稽徵機關辦理申報；營利事業應向其申報時登記地之稽徵機關辦理申報。這表示個人納稅人應向其戶籍所在地的稽徵機關進行所得稅申報，而營利事業則應向其登記地的稽徵機關申報。 2. 營利事業之總機構在中華民國境內，並在中華民國境內設有其他固定營業場所者，應由該營利事業之總機構向其申報時登記地之稽徵機關合併辦理申報。總機構在中華民國境外，而有固定營業場所在中華民國境內者，應由其固定營業場所分別向其申報時登記地之稽徵機關辦理申報。這表示營利事業的總機構和固定營業場所應向其申報時的登記地稽徵機關進行申報，並且總機構應該合併辦理申報。 3. 國外營利事業在中華民國境內無固定營業場所而有營業代理人者，營業代理人應向其申報時登記地之稽徵機關辦理申報。這表示國外營利事業如果在中華民國境內沒有固定營業場所，但有營業代理人的，則營業代理人應向其申報時的登記地稽徵機關進行申報。 以上規定確定了綜合所得稅納稅人和營利事業申報的辦理機關，主要根據其戶籍所在地、登記地、以及是否有固定營業場所或營業代理人來確定申報的管轄機關。
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