依本法第二十八條之一規定辦理稅籍登記營業人之主管稽徵機關如下： 一、自行申請稅籍登記者，為中央政府所在地主管稽徵機關。 二、委託報稅之代理人申請稅籍登記者，為代理人所在地主管稽徵機關。
稅籍登記規則第12條規定了辦理稅籍登記營業人的主管稽徵機關。根據此條款，自行申請稅籍登記的營業人應向中央政府所在地的主管稽徵機關申請稅籍登記。而委託報稅的代理人申請稅籍登記的營業人則應向代理人所在地的主管稽徵機關申請稅籍登記。 例如，如果一家公司在台北市自行申請稅籍登記，該公司應向位於台北市的中央政府所在地主管稽徵機關申請稅籍登記。而如果一家公司委託代理人在新北市申請稅籍登記，該公司則應向位於新北市的代理人所在地主管稽徵機關申請稅籍登記。
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