他方締約國之企業在中華民國境內之常設機構非屬所得稅法第十條規定之固定營業場所或營業代理人者，應依下列規定繳納其應納營利事業所得稅： 一、取得屬所得稅法第八十八條規定扣繳範圍之所得者，應先由扣繳義務人於給付時，按規定之扣繳率辦理扣繳。其委託在中華民國境內居住之個人或有固定營業場所之營利事業為代理人，負責代理申報者，得向扣繳義務人所在地之稅捐稽徵機關申請減除相關成本、費用，並得依所得稅法規定，將前開已扣繳稅款自其應納稅額中減除。 二、取得非屬所得稅法第八十八條規定扣繳範圍之所得者，他方締約國之企業得委託在中華民國境內居住之個人或有固定營業場所之營利事業為代理人，負責代理申報，向代理人所在地之稅捐稽徵機關申請減除相關成本、費用。 三、依前二款規定申請減除相關成本、費用者，應備妥相關帳簿、文據、會計師查核簽證報告、移轉訂價文據，以供稅捐稽徵機關查核。
適用所得稅協定查核準則第 32 條規定如下： 根據該條規定，如果一方締約國的企業在中華民國境內有常設機構，但該機構不屬於所得稅法第十條規定的固定營業場所或營業代理人的範圍，則應按照以下規定繳納應納的營利事業所得稅： 1. 若取得的所得屬於所得稅法第八十八條扣繳的範圍，則在付給該所得時，扣繳義務人應按照規定的扣繳率先扣繳。委託中華民國境內居住的個人或有固定營業場所的營利事業作為代理人並負責代理申報者，可以向扣繳義務人所在地的稅捐稽徵機關申請減除相關成本費用，並可以按照所得稅法的規定，將已扣繳的稅款從自己應納稅額中減除。 2. 若取得的所得不屬於所得稅法第八十八條扣繳的範圍，則該方締約國的企業可以委託在中華民國境內居住的個人或有固定營業場所的營利事業作為代理人，負責代理申報，並向代理人所在地的稅捐稽徵機關申請減除相關成本費用。 3. 根據前述二項規定申請減除相關成本費用的人應備妥相關的帳簿、文據、會計師查核簽證報告、移轉訂價文據，以供稅捐稽徵機關查核。 這條規定的目的是根據所得稅協定的內容，確定在一方締約國有常設機構的企業應如何繳納營利事業所得稅。根據所得稅法的不同規定，扣繳率和減除相關成本費用的方式也有所不同。如在該方締約國的企業取得的所得屬於可以扣繳的範圍，則扣繳義務人應在給付時按照扣繳率扣繳稅款，並且可以向稅捐稽徵機關申請減除成本費用。如果所得不屬於可以扣繳的範圍，則可以委託代理人申報，並向代理人所在地的稅捐稽徵機關申請減除成本費用。 資料參考: - 所得稅法 - 所得稅法施行細則 - 所得稅法解釋及通則 - 相關所得稅協定
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